Сокращение преподавателей осуществлялось на основании характеристик, даваемых им слушателями. В три приема комиссия «отсеяла» свыше 50 % преподавателей. Одновременно была сделана попытка назначить на место убывших выпускников- коммунистов. По итогам работы комиссии 9,3 % коммунистов были исключены из рядов партии, 3 % переведены из членов партии в кандидаты. Таким образом, за два года партийная организация Академии лишилась около 25 % своего состава.
19 апреля 1924 года начальником Военной академии РККА по совместительству был назначен заместитель председателя Реввоенсовета СССР, начальник Штаба РККА М. В. Фрунзе. На этом посту он пробыл всего восемь месяцев, до вступления 26 января 1925 года в должность народного комиссара по военном и морским делам, председателя Реввоенсовета СССР. Правда, после смерти М. В. Фрунзе Академия более 70 лет носила его имя, под которым была известна всему миру.
К тому времени академия была переведена в здание, находившееся на улице Кропоткина, 19. Это было старинное здание, выполненное в классическом стиле. Полезные площади этого здания были значительно большими, чем у прежнего, но также недостаточными для Академии. Ютились в небольших комнатках, лекции читали в нескольких залах, в коридорах, в вестибюле.
Сегодня трудно судить, насколько выдающимся был вклад М. В. Фрунзе в историю Военной академии РККА. Безусловно, Михаил Васильевич был видным советским военачальником. Но за его спиной были гимназия и несколько месяцев учебы в университете, а затем революционная борьба, тюрьмы, каторга, подполье. При случае он учился, даже овладел иностранными языками. Но системным образованием эти знания назвать нельзя.
За время командования войсками в годы Гражданской войны он прошел путь от начальника милиции Минска до командующего фронтом. Руководимые им войска одержали ряд блестящих побед в этой неклассической войне. Затем — командование войсками Украины и Крыма. Быстрая и блестящая карьера на революционной волне. Пройти все эти должности — не значит их осмыслить. А в Академии предстояло учить других.
М. В. Фрунзе за свою боевую практику понял, насколько важен опыт военных специалистов, которые всегда были с ним рядом. Поэтому при организации учебного процесса особое внимание он уделял сочетанию опыта старых и молодых преподавательских кадров. Он решительно выступал против предвзятого отношения некоторых слушателей к преподавательскому составу, к старым военным специалистам. Михаил Васильевич писал: «К разрешению проблемы переработки старого опыта собственными силами, без помощи старых спецов военного дела, не готовы не только молодые академики, но и мы все в целом, без всякого изъятия. Необходимо идти рука об руку с оставшимся от старой армии составом генерального штаба, широко используя его знания и стремясь переварить в нашем красном котле все те элементы его, которые честно и искренне, без всяких оглядок и оговорок (а таких немало) работают над укреплением мощи Советского Союза».
Заслугой М. В. Фрунзе является и то, что он дал правильную оценку значения изучения в Военной академии РККА боевого опыта Гражданской войны. По этому вопросу все еще продолжались горячие споры и дискуссии, особенно на занятиях. Он разъяснял, что в понимании этого опыта имеются две ошибки: его недооценка старыми военными специалистами и переоценка молодыми военными работниками. М. В. Фрунзе указывал, что люди, отрицающие опыт Гражданской войны, к истине гораздо менее близки, чем те, кто придает ей преувеличенное значение. Поэтому в Военной академии РККА была увеличена программа изучения Гражданской войны, шире развернулась работа по исследованию ее опыта.
Вместе с тем новый начальник академии считал, что нельзя ограничиваться опытом Гражданской войны. Он понимал, что процесс технического переоснащения армии неминуемо приведет к изменению способов вооруженной борьбы, к чему необходимо заранее готовить военные кадры.
По инициативе М. В. Фрунзе и при его прямом участии в 192425 учебном году в Военной академии РККА был создан новый факультет снабжения. Его начальником был назначен С. Н. Красильников. Этот факультет с небольшим перерывом просуществовал 12 лет, готовя тыловых работников для Красной армии. На 1-й курс факультета снабжения было принято 22 человека, а всего он подготовил более 300 человек.
Были уточнены содержание учебной программы, порядок ее изучения и структура учебных курсов Военной академии. Признавался нерациональным принятый ранее порядок, при котором вся учебная программа изучалась на первом (младшем) и втором (старшем) курсах, а на дополнительном слушатели лишь разрабатывали четыре дипломные темы. При таком порядке слушатели первого и второго курсов испытывали большую перегрузку, нарушалась и последовательность в отработке вопросов учебной программы. Теперь дополнительный курс был преобразован в третий курс основного факультета. Изучение вопросов учебной программы равномерно распределялось между тремя курсами. На первом курсе изучалась тактика родов войск, на втором — общая тактика, на третьем — дисциплины курса стратегии. В соответствии с этим группировались учебные предметы других циклов, содержание которых ограничивалось минимумом вопросов, которые должен знать общевойсковой командир.
Новым, весьма важным, явлением в учебном процессе стало выделение из области стратегии оперативного искусства. Вместо господствовавшей до начала 20-х годов формулы «стратегия — тактика» вводится новая — «стратегия — оперативное искусство — тактика». Для разработки и преподавания новой дисциплины (оперативного искусства) в 1924 году создается кафедра «Ведение операций». Выделение оперативного искусства в самостоятельную дисциплину способствовало более глубокому изучению всего комплекса вопросов подготовки и проведения операций. В связи с этим был уточнен удельный вес учебных дисциплин. Основными предметами теперь становились стратегия, оперативное искусство, тактика, социально-экономические дисциплины, история войн и военного искусства, иностранные языки.
Повысились требования к преподавателям и слушателям в отношении качества выполнения учебно-воспитательных задач. Изменилось соотношение между теоретическим и прикладным (практическим) курсами обучения. Если в первые послевоенные годы упор в обучении делался на лекции и семинарские занятия, то с приходом в Военную академию РККА М. В. Фрунзе слушатели стали чаще привлекаться к участию в полевых поездках и к выполнению различных практических заданий на групповых занятиях и войсковой стажировке.
Совершенствуется методика проведения занятий. Широко внедряется так называемая лабораторная методика преподавания, сущность которой заключалась в том, что слушатели получали месячное задание, в котором указывались тематика всех дисциплин, количество часов на каждую тему, вопросы, отрабатываемые на классных занятиях с преподавателем и самостоятельно, и методы их отработки, а также сроки исполнения. По истечении месяца слушатель отчитывался за освоенный учебный материал, представляя конкретные записи. Возросла роль самостоятельной подготовки. На первом курсе, например, недельная нагрузка слушателя составляла 36 учебных часов, затрачиваемых на отработку учебных тем под руководством преподавателя, и 36 часов самостоятельной работы; на втором курсе — соответственно 30 и 42 часа. Слушатели получили возможность более глубоко изучать учебный материал и приобретать навыки в военно-научной исследовательской работе. Контроль за самостоятельной работой слушателей осуществлялся проведением семинаров, конференций и практических занятий. Все это способствовало развитию у слушателей активности мышления и творческого подхода к усвоению вопросов военного искусства.