Произошла реорганизация созданных при Военной академии РККА еще в 1921 году Высших академических курсов. Курсы обслуживались преподавателями академии, но не входили в ее состав. Отныне эти курсы, рассчитанные на 9 месяцев обучения, были включены в состав Военной академии РККА. Отныне они именовались «Курсы усовершенствования высшего командного состава» (КУВК).
В 1924 году в Военной академии РККА были созданы также Высшие военно-политические академические курсы (ВПАК). В 1926 году они были переданы в Военно-политическую академию.
Под руководством М. В. Фрунзе в 1924 году в Военной академии РККА была проведена первая военная игра. В ходе ее отрабатывались вопросы управления войсками во встречном сражении. Военные игры проводились затем регулярно, обычно в конце учебного года. Они позволяли исследовать новые оперативно- тактические вопросы и делать по ним выводы, которые использовались в учебном процессе и при разработке трудов.
В это время в Военной академии РККА была развернута научная работа. Обновлялись ранее изданные и разрабатывались новые труды, пособия и материалы по всем учебным предметам. Среди них особенно значительными были труды по общей тактике Н. П. Сапожникова и С. Г. Лукирского, по тактике пехоты — А. Г. Лигнау, конницы — В. Н. Готовского, артиллерии — А. Д. Сыромятникова и Е. К. Смысловского, по тактике бронесил — П. Д. Гладкова, по военно-инженерному делу — Д. М. Карбышева, по авиации — В. В. Хрипина, по связи — В. М. Цейтлина. Военная история нашла освещение в трудах К. П. Невежина, Н. Е. Какурина, А. А. Снесарева.
Был переработан курс «Служба Генерального штаба», имевший важное значение в повышении штабной подготовки слушателей. В академическом курсе службы штабов в то время содержались лишь общие и уже во многом устаревшие взгляды на работу Генерального штаба, сложившиеся в старой русской армии к началу Первой мировой войны. Для Красной армии была нужна новая теория службы штабов. Первым шагом к ее созданию был выход в свет в 1924 году трудов Н. Е. Варфоломеева «Техника штабной службы» и «Оперативные документы войсковых штабов». В них впервые с учетом опыта минувших войн излагались организация, содержание и методы работы общевойсковых штабов в военное время. Труды послужили основой для улучшения штабной подготовки слушателей. Многие их положения были учтены затем при написании первого Наставления по полевой службе щтабов Красной армии, изданного в 1926 году.
Благодаря усилиям М. В. Фрунзе научная работа в Военной академии РККА приобрела более конкретный и целеустремленный характер. Важное значение придавалось изучению опыта прошлых войн, особенно опыта руководства боевыми действиями фронтов и армий, и разработке на этой основе новой отрасли военной науки — оперативного искусства. В 1925 году под руководством М. В. Фрунзе коллектив вновь созданной кафедры «Ведение операций» в составе Н. Е. Варфоломеева, А. Н. Лапчин- ского, Н. П. Сапожникова, Н. Н. Шварца и других создал труд «Ведение операций. Работа командования и полевого управления». В нем впервые были изложены взгляды на ведение операций с применением тех сил и средств, которыми располагала тогда Красная армия; была четко сформулирована цель операции — сокрушить и полностью разгромить живую силу противника, указывался метод действия — непрерывное наступление, переходящее в длительное оперативное преследование, без пауз и остановок. Наступление представлялось в виде ряда последовательных операций, каждая на которых являлась промежуточным звеном на пути к достижению конечной цели. Усилия ученых Академии не пропали зря. Их исследования, отдельные научные выкладки и выводы послужили основой для разработки вышедших в 1924–1926 годах новых уставов, в особенности Временного полевого устава РККА.
Для пополнения рядов советских военных ученых из числа бывших слушателей в феврале 1924 года в Военной академии РККА создается адъюнктура. Среди первых адъюнктов были С. И. Венцов, А. М. Вольпе, Г. Д. Гай, В. А. Меликов, Р. С. Циффер, ставшие затем видными военными учеными и педагогами.
Особым направлением деятельности М. В. Фрунзе на посту начальника Военной академии РККА было сокращение численности и изменение социальной и партийной принадлежности основной массы слушательского состава, большинство которого до этого черпалось из среды офицеров бывшей царской армии. С тем чтобы готовить командиров из представителей рабочих и крестьян, были резко снижены требования к уровню общего образования поступавших в Военную академию. Для предварительной подготовки этих лиц к учебе были созданы одногодичные подготовительные группы.
В советский период деятельности М. В. Фрунзе уделялось особое внимание, проводились специальные исследования на эту тему. Поэтому многое, что было сделано раньше, приписывалось Михаилу Васильевичу. Безусловно, роль М. В. Фрунзе в советской военной истории неоспорима. Она значима и в истории Военной академии РККА, но не выдающаяся. Нужно понимать, что в связи с исполнением других ответственных должностей М. В. Фрунзе физически не мог уделять Военной академии РККА достаточно много времени. Правда, в советские время исследователи жизни и деятельности М. В. Фрунзе напишут совсем другое.
В историю Красной Армии 1924 год войдет как год реформы. Почти весь он прошел под знаком ломки старых организационных форм аппаратов управления, войсковых частей и пересмотра самих основ их деятельности…
Наша реорганизационная работа пошла прежде всего в направлении максимального сжатия наших штатов, максимального сокращения всего, что не является абсолютно необходимым для работы.
Из статьи М. В. Фрунзе «На новых путях» //Избранные произведения. — М., 1984
После победы над Врангелем в советском правительстве укоренилось мнение о необходимости быстрой демобилизации огромной армии, находившейся в европейской части страны. Предлагалось сохранить имевшиеся силы только в некоторых регионах, соседствующих с потенциальными врагами российской революции, прежде всего с Польшей.
В. И. Ленин также был одним из сторонников этой идеи. Уже в конце ноября 1920 года он дал указание сократить армию не менее чем на два миллиона человек. Это было поручено комиссии, в которую вошли Ф. Э. Дзержинский, М. И. Калинин, Э. М. Склянский. Но демобилизация проходила, по мнению В. И. Ленина и Л. Д. Троцкого, крайне медленно. За зиму, к весне 1921 года, удалось сократить всего 800 тысяч человек!!!
В апреле 1921 года ЦК партии обсудил итоги демобилизации и принял новое решение о норме численности Вооруженных сил. В. И. Ленин предложил к осени того же года сократить армию до 1,6 миллионов человек, а через год, то есть к октябрю 1922 года, ее общую численность довести до 800 тысяч человек. При этом в состав Красной армии с сентября 1921 года были включены
Военно-морской флот, войска ВЧК, части особого назначения и войска конвойной стражи. Общая численность личного состава этих включений достигала 220 тысяч человек.
18 декабря 1922 года Пленум ЦК РКП(б) принял решение о новом сокращении вооруженных сил к 1 февраля 1923 года до 600 тысяч человек, но на практике их удалось уменьшить до 562 тысяч человек. При этом численность личного состава флота, частей ВЧК, особого назначения и конвойной стражи, других специальных войск была не только сокращена, но и увеличена, на сухопутные войска приходилось не более 300 тысяч человек. Это было явно недостаточно для решения оборонных задач на огромной территории Советского Союза.