18 сентября произошло вооруженное нападение азербайджанцев на армян в селе Ходжалы. Затем Азербайджан захлестнула волна антиармянских митингов. Через четыре дня армянские погромы прошли в Баку, Кировабаде, Нахичевани, Ханларе и других городах. В предчувствии беды начался массовый исход беженцев из обеих республик.
Президиум Верховного Совета СССР наконец-то «разродился» Указом «О неотложных мерах по наведению общественного порядка в Азербайджанской ССР и Армянской ССР». В Ереване было введено особое положение, но почему-то этот указ не коснулся Баку.
Карабахские события активизировали националистические силы в Армении. В ноябре 1988 года прошли погромы азербайджанского населения в Кировабаде. В результате из республики бежало свыше 200 тысяч азербайджанцев.
1 декабря 1988 года Горбачев и другие члены Правительства СССР встретились с депутатами Верховного Совета СССР — представителями Азербайджана и Армении. На встречу прибыли руководители обеих республик, а также руководители Нагорно-Карабахской автономной области. Была предпринята очередная попытка разрешить конфликт мирным путем за столом переговоров, но она не увенчалась успехом.
После этого Москва решила показать свою силу азербайджанцам. 5 декабря войсками был разогнан митинг в Баку. При освобождении площади Ленина погибло два человека, 547 человек были задержаны. Никаких объяснений по этому поводу со стороны правительства страны не последовало.
Казалось, сама природа возмутилась безумством людей. 7 декабря произошло сильное землетрясение в северных районах Армении, которое на некоторое время прекратило противоборство между этой республикой и Азербайджаном. Бедствие охватило 40 процентов территории республики с населением свыше миллиона человек. Вследствие землетрясения погибло около 20 тысяч человек, десятки тысяч получили ранения, сотни тысяч остались без крова.
Казалось, сама природа восстала против человеческого безумия. Тогда на помощь армянам пришли все советские республики, миллионы людей сделали добровольные пожертвования. Материальные ценности и денежные средства бурным потоком хлынули в Армению, остудив на некоторое время националистические страсти. Наиболее активные «борцы» за права армян на развалинах и крови были заняты сколачиванием собственного капитала…
10 декабря в Ереван прилетел Михаил Сергеевич, чтобы лично встретиться с руководством республики и организовать оказание помощи пострадавшим от землетрясения. Безусловно, велись разговоры и о прекращении конфликта. Их следствием стало то, что 12 января 1989 года Президиум Верховного Совета СССР, возглавляемый М.С. Горбачевым, принял Указ о введении в Нагорно-Карабахской области Азербайджанской ССР особой формы правления. Был создан Комитет особого управления во главе с А.И. Вольским, который до этого уже более полугода безрезультатно занимался урегулированием армяно-азербайджанского конфликта.
В самый разгар Бакинских погромов, 14 января 1990 года, начались массовые митинги в Армении и в Азербайджане, а также активизировались боевые действия в Нагорном Карабахе. На следующий день решением Москвы в этой автономной области было введено чрезвычайное положение. 16 января принимается Постановление Верховного Совета СССР «Об учреждении Союзной контрольно-наблюдательной комиссии по Нагорно-Карабахской автономной области Азербайджанской ССР» во главе с членом президиума Верховного Совета СССР В.К. Фотиевым.
Любые действия Москвы, направленные на урегулирование армяно-азербайджанского конфликта всеместно блокировались. 17 января состоялся митинг представителей армянской диаспоры в Москве, на котором были предъявлены требования немедленно урезонить Баку. В Ставрополе и Краснодаре прошли митинги под руководством Комитета женщин, на которых выступали против отправки резервистов из этих краев в Закавказье. Азербайджанская диаспора также вывела людей на митинг и предъявила требования армянской стороне.
25 января произошло вооруженное нападение на постпредство Азербайджана в Москве. Человеческих жертв не было. Нападение носило более демонстративный и политический, чем военный характер. Московская милиция ничего не смогла сделать, чтобы предупредить этот акт. Кремль бездействовал, армянские и азербайджанские националисты откровенно игнорировали российскую власть.
1 февраля начались консультации между Армянским освободительным движением и Народным фронтом Азербайджана при посредничестве Балтийской ассамблеи в Риге. В то время Эстония сама всеми силами стремилась вырваться из состава СССР и поэтому не была заинтересована в нормализации обстановки в Закавказье. Консультации завершились ничем. 3 февраля армянская делегация была отозвана из Риги в связи с сообщением об этнической чистке в районе Геташена.
В 1990 году власть в Армении фактически захватили Армянское общенациональное движение по главе с председателем Верховного Совета Армении Левоном Тер-Петросяном и возродившаяся на старой базе партия «Дашнакцутюн». Под их влиянием в августе того же года Армянская ССР была переименована в Республику Армению.
Всего несколько дней спустя после этого исторического события группа боевиков из Армянской национальной армии совершила нападение на штаб вооруженных формирований Армянского общенационального движения в Ереване. Данный акт Верховным Советом Армении был сочтен достаточным поводом для ввода на всей территории республики чрезвычайного положения и комендантского часа. Под давлением верховной власти военный совет Армянской национальной армии объявил о самороспуске, сдаче оружия и транспортных средств.
4 августа 1990 года председателем Верховного совета Армении был избран Л. Тер-Петросян. 21 августа Азербайджан перекрыл магистральный газопровод, по которому природный газ поступал в Армению. Республика начала всерьез готовиться к войне с Азербайджаном на территории Нагорного Карабаха.
10 сентября обстановка в Нагорном Карабахе резко обострилась. Армянские боевики захватили здания райкомов партии в районах Аксерон, Гадрут, Мартуни. Среди азербайджанцев были убитые и раненые.
В конце сентября прошли выборы в Азербайджане, где победили коммунисты. В Армении состоялся первый тур XXIX съезда коммунистической партии Армении, на котором был поставлен вопрос о выходе этой партии из состава КПСС. И если азербайджанцы еще хоть как-то заигрывали с Москвой, то армяне уже открыто игнорировали ее решения.
Но и Азербайджан заигрывал с Москвой недолго. 30 ноября 1990 года на заседании его правительства было принято решение о переименовании Азербайджанской ССР в Азербайджанскую Республику со своим национальным флагом. Азербайджан также начал готовиться к войне с Арменией.
14 декабря обстановка в Нагорном Карабах вновь обострилась. В столкновении было убито два человека — местный житель и военнослужащий внутренних войск. Стороны в очередной раз начали обмениваться не только устными угрозами, но и выстрелами. Москва, полностью поглощенная собственными проблемами, уже практически не могла повлиять на ситуацию в этой области Закавказья.
Наступил роковой 1991 год. Несколько месяцев Москва практически никак не влияла на события, происходившие в Нагорном Карабахе. Только в конце апреля по ее приказу силами Советской армии и Азербайджанского ОМОНа была начата операция «Кольцо» с целью депортации армянского населения за пределы автономной области. Операция продолжалась до августа и вызвала большое недовольство среди армян, как на территории республики, так и за ее пределами. 30 апреля частями Советской армии был осуществлен штурм армянского села Геташен, в ходе которого погибло 37 человек. После этого все население села было депортировано.