2 января началась новая волна столкновений между азербайджанцами и армянами в Нагорном Карабахе. 6 января в Баку прошла конференция Народного фронта Азербайджана, на которой в очередной раз было заявлено о «незаконном» притеснении этой национальности армянами и другими инородцами.
9 января 1990 года парламент Армянской ССР обратился к Председателю Верховного Совета СССР М.С. Горбачеву с письмом. В нем, в частности, говорилось:
«В результате открытых вооруженных действий со стороны экстремистских сил Азербайджана против армянского населения, проживающего в Баку, Шаумяновском и Ханларском районах, в селах Геташен, Азат, Камо и других населенных пунктах, возникла чрезвычайная обстановка. Страдают невинные дети, женщины, старики. Имеют место убийства, поджоги, блокируются дороги, мосты, захваты заложников. Все это привело к крайнему обострению обстановки в Армении. Учитывая сложившуюся в регионе ситуацию, Верховный Совет республики обращается к Вам с просьбой принять безотлагательные меры по обеспечению безопасности армянского населения, пресечению варварских действий, которые могут привести к непоправимым катастрофическим последствиям во всем регионе».
10 января принимается Постановление Президиума Верховного Совета СССР «О грубых нарушениях Закона о государственной границе СССР на территории Нахичеванской АССР». Рассмотрев этот вопрос, Верховный Совет СССР постановил «решительно осудить имевшие место факты бесчинств и грубых нарушений Закона о государственной границе СССР, приведших к дестабилизации обстановки на данном участке советско-иранской границы». Правда, постановление это было принято уже после того как на протяжении почти всех семисот километров в течение месяца громили, демонтировали границу с Ираном. Словом, в день, когда Горбачев с опозданием откликнулся на вандализм в Нахичевани, уже горели армянские дома не только в Баку, но и по всей территории Азербайджана.
В период с 13 по 19 января 1990 года произошли армянские погромы в Баку. Во всех местах события развивались по сумгаитскому сценарию. Беспорядки 13 января. Хорошо управляемые толпы азербайджанцев точно по наводке одновременно в различных районах города врывались в дома армян, русских, украинцев, евреев. Хозяев убивали или избивали до полусмерти, молодых жен и девушек насиловали. Не щадили ни стариков, ни детей. Все ценное тут же разграблялось. Милиция, состоявшая преимущественно из азербайджанцев, вдруг вся куда-то исчезла. Отдельные ее группы появлялись в толпах озверевших своих земляков, ничем не мешая им бесчинствовать.
М.С. Горбачев отреагировал на другие тревожные сообщения из Закавказья тем, что послал в обе республики своих представителей с самыми расплывчатыми инструкциями.
14 января в Баку прибыли кандидат в члены Политбюро ЦК КПСС, председатель Совета Союза Е.М. Примаков и секретарь ЦК КПСС (курирующий вопросы национальностей) А. Гиренко, секретарь ЦК КПСС Н.Н. Слюньков и заместитель председателя Совета министров СССР И.С. Силаев. Буквально через час после них в Ереван доставили первых армянских беженцев из Баку.
В столице Азербайджана убивали не только армян. Озверевшая толпа резала и насиловала русских, захватывала принадлежащие им квартиры. В результате развязанного террора сотни тысяч русских, представителей других национальностей вынуждены были бежать из Баку, оставив все свое имущество.
Число жертв геноцида армян в Баку неизвестно до сих пор. По самым приблизительным данным, в течение недели было убито 300 армян, десятки тысяч были насильственно депортированы. Погромы, длившиеся с 13 по 19 января 1990 года при полном попустительстве центральных властей, развеяли искусственно состряпанную легенду об «интернациональном Баку». По официальным данным, в Баку погибло 83 человека, в том числе 13 военнослужащих и членов их семей. После этого в городе было объявлено чрезвычайное положение. Власть в городе реально оказалась захваченной комитетом обороны так называемого Народного фронта Азербайджана.
Лишь 16 января московские газеты напечатали первые сообщения о бакинских погромах, и то без всяких «острых» комментариев. Кремль не спешил делать выводы или не хотел.
События в Нагорном Карабахе также развивались по хорошо отработанному сценарию. Пробный шар с целью определения стойкости армян был подброшен националистами осенью 1987 года. Тогда в Ереване прошло несколько так называемых «экологических» митингов и демонстраций.
Постепенно народные выступления обретали иную направленность. Уже 18 октября 1987 года в Ереване прошла демонстрация по поводу земельного конфликта в селе Чардаху Нагорного Карабаха между армянами и азербайджанцами. Выкрикивались националистические лозунги. Но при разгоне демонстрации прозвучали упреки в адрес Москвы и были изорваны портреты М.С. Горбачева. Так определился объект межнациональной и межрелигиозной распрей, который в последующем должен был стать клином в отношениях не только между Арменией и Азербайджаном, но и между этими Закавказскими республиками и Москвой.
В последующем события развивались довольно стремительно. В феврале 1988 года армяне Нагорного Карабаха официально потребовали воссоединения области с Арменией. Вскоре они начали непрерывный митинг протеста в Степанакерте, сопровождавшийся геноцидом азербайджанцев. В результате этого тысячи беженцев-азербайджанцев потянулись из Армении, постепенно скапливаясь в многонациональном и исконно неспокойном Баку.
20 февраля состоялась сессия народных депутатов Нагорно-Карабахской автономной области, которая выступила с предложением передачи области в состав Армении. Спустя два дня несколько тысяч азербайджанцев вторглись в пределы НК АО А 25 февраля произошел армянский погром в Сумгаите, во время которого, по официальным данным, погибло 32 человека, более 400 получили ранения. Так начался вооруженный азербайджано-армянский конфликт, ставший первой кровоточащей раной на теле слабеющего СССР.
Горбачев наконец-то решился продемонстрировать «волю Москвы». В марте 1988 года он осуществил смену высших партийных руководителей обеих республик. Вместо К. Багирова первым секретарем ЦК Азербайджана стал А. Везиров, армянского руководителя И. Демирчяна сменил С. Арутюнян.
Но смена руководства не решила проблемы. Пролитая кровь мутила разум горячих кавказцев, а неизвестно откуда поступавшие оружие и деньги побуждали их к действиям. В начале лета 1988 года в Ереване прошли многолюдные митинги в поддержку Нагорного Карабаха, о том же кричали толпы на площадях в Баку.
15 июня Верховный Совет Армении принял решение о включении Нагорного Карабаха в состав республики и обратился к Верховному Совету СССР с просьбой утвердить это решение. Через два дня с такой же просьбой к высшему законодательному органу страны обратился и Верховный Совет Азербайджана. На эти просьбы Верховный Совет СССР обеим республикам ответил отказом. Но эффективного пути выхода из конфликта предложено не было. Таким образом, Еревану и Баку негласно предоставлялось право урегулировать конфликт собственными силами.
Сегодня правомерно задать вопрос — была ли у Москвы возможность прекратить карабахский конфликт летом 1988 года? Генерал-полковник А. Макашов, в то время военный комендант особого района Армении, дает положительный ответ. Нескольких армейских полков и полков внутренних войск МВД под руководством начальника, облеченного соответствующими полномочиями, хватило бы для того, чтобы блокировать район конфликта, развести противоборствующие стороны и разоружить боевиков. Но тогда Горбачев воздержался от принятия такого решения.