Две плавучие ремонтно-технические базы: ПРТБ-13 и ПРТБ-33 (пр. 2001М, «Лама»-класс) до конца 1996 г. входили в состав Черноморского флота.
Боевую деятельность 41-й бригады обеспечивали катера 47-го звена, в состав которого входили четыре катера-мишени проекта 1292 «Бурундук» — КМ-593, КМ-731, КМ-895 и КМ-1207 (два последних списаны в 1992 году), два катера — водителя мишени проекта 1232В: КВМ-332 и КВМ-702, катер связи проекта 183К КСВ-1135 (продан коммерческим структурам) и буксирный катер БУК-645.
К 1996 г. полностью прекратила свое существование 17-я бригада кораблей охраны водного района, базировавшаяся на озере Донузлав.
Непосредственно в состав бригады входили три сторожевика и торпедолов ТЛ-1616 (пр. 1388). Сторожевой корабль СКР-84 (пр. 35М) был списан на слом в 1992 г., а СКР-110 (пр. 159А) — в конце 1993 г. Третьему кораблю — СКР-112 — была уготована нестандартная судьба. Он стал первым военным кораблем, поднявшим новый украинский флаг, и 21 июля 1992 г. совершил несанкционированный переход в Одессу. Корабль мог служить еще долго, но четыре года без ремонта и ухода быстро сделали свое дело. Украинский первенец в сентябре 1996 г. был разделан на металл в Инкермане.
Подчиняющийся непосредственно командованию бригады 307-й дивизион противолодочных кораблей, также постигла печальная участь. Новейший МПК-291 (пр. 1241ПЭ) успели перегнать в Новороссийск, а два других — МПК-93 и МПК-116 — в конце 1995 г. были переданы в состав ВМСУ и получили новые имена: «Ужгород» и «Хмельницький».
Из состава 315-го дивизиона кораблей охраны водного района рейдовый тральщик РТ-214 (пр. 1258) также передали в состав ВМСУ под наименованием «Генiчеськ». Рейдовые тральщики РТ-46 и РТ-720 (пр. 1258), торпедоловы ТО-119 и ТЛ-373 (пр. 368) и противолодочные катера типа «Фламинго» (пр. 1415) П-99, П-331, П-407 были переведены в другие базы ЧФ.
Из состава 31 -го дивизиона тральщиков к 1996 г. на Черноморском флоте остался лишь базовый тральщик БТ-40 (пр. 1265). Однотипные тральщики БТ-79 (бывший «Севастопольский комсомолец») и БТ-126 (бывший «Оренбургский комсомолец») в декабре 1995 г. вошли в состав ВМСУ под названиями «Мелiтополь» и «Марiуполь». Телеуправляемый тральщик — искатель мин БТ-29Э (пр. 1253) и его водитель БТ-168 (пр. 1253В) были к этому времени уже списаны, рейдовый тральщик РТ-583 (пр. 1258) разобран, а однотипный РТ-349 удалось отбуксировать в Новороссийск с экипажем всего из трех человек.
Гордостью Черноморского флота всегда были спасатели, организационно сведенные в Управление поисковой и аварийно-спасательной службы Черноморского флота (УПАСС ЧФ). Главным соединением спасателей являлась 37-я бригада спасательных судов, дислоцировавшаяся в Севастополе в Стрелецкой бухте. В 1990 г. ее основу составлял 158-й дивизион АСС (аварийно-спасательной службы).
В дивизион входили спасательные суда подводных лодок «Эльбрус» (пр. 537), «Михаил Рудницкий» (пр. 536), «Казбек», СС-50 (пр. 532А), СС-21 и СС-26 (пр. 527), спасательные буксиры СБ-5, СБ-15, «Орион» (пр. 733С), СБ-524 (пр. 714), «Шахтер» (пр. 712), пожарное судно ПЖС-123 (пр. 1893), корабль химической разведки КРХ-321 (пр. 1388Р), водолазные боты ВМ-413, ВМ-416 (пр. 535) и два водолазных катера РВК-1403, РВК-1447 (пр. 1415).
Но всего за семь лет после распада Союза от этого мощнейшего соединения остались лишь воспоминания: огромный корпус спасателя «Эльбрус» водоизмещением более 20 тыс. тонн возвышался памятником в Севастополе. Ремонт в Николаеве так и не был завершен, хотя его готовность составляла 90%. 1 июля 1997 г. был расформирован экипаж судна, а 1 декабря 1997 г. «Эльбрус» исключен из состава флота. Судно было продано на слом в 1998 г.
Относительно новый спасатель «Рудницкий» в 1997 г. был переведен на Северный флот. «Казбек» продан коммерсантам в Одессу, а СС-50 сдан на слом. Спасатель СС-26 при модернизации получил имя «Эпрон», а его «систершип» СС-21 под наименованием «Подводник Маринеско» продан частной фирме в Ильичевск. Здесь же следует упомянуть и знаменитую
«Коммуну» — старейший корабль Российского флота. Этот судоподъемный уникум служит России более 80 лет (!!!), а в 1996 г. его чуть было не продали на металл татарской фирме «Акар». Сделка не состоялась по неизвестной причине.
За годы развала была полностью расформирована 39-я аварийно-спасательная школа ВМФ. Входившие в ее состав спасательные суда СС-47 и «Зангезур» проданы на слом в Турцию, а СС-13 передан частной фирме под наименованием «Эпрон-2».
20 октября 1981 г. спасательное судно СС-13 было списано и выведено из состава флота. В дальнейшем передано МСУ № 108 как водолазное судно, затем передано АП «Гидромонтаж» с переименованием в «Эпрон-2». В декабре 1991 г. отошло Украине.
Учебно-тренировочная станция УТС-225 списана и затонула у стенки, хотя и представляла определенную историческую ценность. В годы войны она именовалась базовым тральщиком «Мина», который получил орден Красного Знамени. Два водолазных бота: ВМ-34 и ВМ-154, четыре водолазных катера: РВК-156; РВК-432; РВК-617; РВК-659 (пр. 736Р) переданы в другие части флота. Украиной «приватизирован» водолазный бот ВМ-152, получивший наименование «Краб» (пр. 535).
Во время шторма 18 февраля 1992 г. затонул пожарный катер ПЖК-70, позже поднятый и сданный на слом. В жалком состоянии находились спасатели 162-го дивизиона судов обеспечения (ДСО). Требовали срочного ремонта пожарные катера ПЖК-37 и ПЖК-45 (пр. 364), водолазные боты ВМ-9; ВМ-88; ВМ-114; ВМ-125 (пр. 522), рейдовые водолазные катера РВК-1291; РВК-298; РВК-449; РВК-494; РВК-778; РВК-860 (различных проектов). Из четырех санитарных катеров польской постройки в строю оставался лишь один СП-126, остальные были проданы коммерческим структурам, а дорогостоящее медицинское оборудование разграблено. Лишь плавмастерская ПМР-84 и пять барж снабжения сохранились в приличном виде.
Практически ликвидированы три соединения спасателей в Керчи, Одессе и Донузлаве. Суда 823-й группы АСС (Керчь) были захвачены Украиной. Это пожарный катер ПЖК-58; боты ВМ-5, ВМ-86, ВМ-108; четыре водолазных катера и баржа снабжения. Аналогична судьба 172-й группы АСС из пяти единиц и 839-й группы кораблей консервации (14 единиц).
Ликвидирована 696-я береговая база с торпедоловом ТЛ-842, тренировочными станциями УТС-124, УТ2–349, четырьмя катерами и плавдоком ПД-23.
Как уже говорилось, идеальные условия черноморского климата использовались для проведения опытов и отработки новых систем оружия на полигонах Балаклавы, Керчи, Феодосии, Севастополя и Донузлава. Время не пощадило исследователей.
Была ликвидирована 184-я станция морских исследований в Балаклаве. Опытовые катера ОК-763, ОК-1934, ОК-1072 переведены в Севастополь и в 1997 г. списаны на слом. Опы-товое судно ОС-94 («Касатка») захвачено Украиной в 1992 г., опытовое судно ОС-265 с 1 января 1996 г. числилось как военный транспорт ВТР-75, а десантная баржа ОС-237 списана на слом в 1997 г. Керчь потеряла опытовое судно ОС-99 («Торпедист»), использовавшееся для испытаний торпед. Его списали 1 сентября 1995 г. Опытовое судно «Александр Кунахович» переведено в Севастополь. В 1997 г. на нем были завершены испытания ракетоторпед комплекса «Медведка», после чего корабль списали на слом. Два опытовых катера из Донузлава — ОК-485 («Чайка») и ОК-1135 («Беркут») — проданы коммерсантам как прогулочные яхты. ОК-1135 в 1994 г. был выведен из состава ВМФ и продан частному лицу, в дальнейшем был переоборудован в прогулочный катер «Беркут».