Полностью ликвидирована 171-я группа ДМРСО, базировавшаяся на озере Донузлав. В ее состав входили: морской буксир МБ-132 (пр. 730), рейдовые буксиры РБ-256 и РБ-308, плавмастерские ПМ-152 и ПМ-183, ПЖК-20 и два водолазных катера, судно-хранилище СХЛ-7 (пр. 814), водолей МНС-276500 и четыре баржи снабжения. Из этого списка в 14 единиц удалось увести в Севастополь лишь судно-хранилище, водолей и пожарный катер.
На главную базу Черноморского флота — Севастополь — базировались 134-я и 142-я группы МРС и 230-й дивизион МРСО.
Базировавшиеся в Южной бухте подразделения 134-й группы МРСО потеряли списанными рейдовый буксир РБ-65, буксирный катер БУК-533 и два рейдовых катера. Сохранились транспортное судно «Альма», пять барж снабжения, три нефтевоза и два морских катера.
Из состава 142-й группы МРСО был выведен на отстой отопитель ОТ-463. Бывший флотский буксир знаменитой серии «СП» (построенный Севморзаводом), прошедший всю войну, сам по себе уже являлся памятником отечественного судостроения. По состоянию на начало 2014 г. ОТ-463 находился на территории артзавода ЧФ в Севастополе, пройдя в 2008 г. доковый ремонт.
Из состава этой группы на отстой также вывели три мусоросборщика и плавучую покрасочную станцию ППКС-15. Это судно служило на флоте образцом бесхозяйственности. Оно, вместе с серией однотипных судов, было куплено в Югославии. Но для проведения покрасочных работ (а судно способно за несколько часов полностью выкрасить крейсер) требуются специальные краски и растворители. Валюты для их покупки не было, и судно много лет стояло и потихоньку разворовывалось. Судно и по сей день находится в отстое в Стрелецкой бухте Севастополя.
В строю остались лишь одиннадцать барж снабжения и шесть мусороуборочных судов.
Из состава 230-го дивизиона МРСО списано на слом в 1994 г. гидроакустическое судно ГКС-11 (пр. 51 ЗМ), а однотипное ГКС-17 отметило 5 ноября 1996 г. свое сорокалетие, а в 2006 г. его списали на слом.
Суда размагничивания СР-154 (пр. 222), СР-407 (пр. 1799), СР-568 и СР-939 (пр. 130) номинально еще оставались в строю. Однако ветхое деревянное судно СР-154 годилось лишь на дрова. СР-568 предназначался к передаче Украине и был основательно разграблен. 1 июля 1997 г. судно было передано ВМС Украины, получив там название «Балта» (бортовой номер — U811), где и продолжает свою службу в настоящий момент. Судно СР-407 было списано и сдано на слом в 1996 г. Судно СР-939 в настоящее время входит в состав дивизиона МРСО Черноморского флота с базированием на Южную бухту Севастополя.
Килектор КИЛ-33 находился в хорошем состоянии. По разделу флота в 1997 г. судно отошло украинской стороне, где 1 августа 1997 г. получило новое название «Шостка» (бортовой номер U852). А ремонт однотипного КИЛ-25 (на варненском заводе «Флотский Арсенал») затянулся на неопределенный срок из-за нестабильного финансирования. КИЛ-25 в 1997 г. отошел российской стороне. Ремонт был завершен, и уже в декабре 2002 г. килектор участвовал в аварийно-спасательных подъемных работах судов, затонувших во время боры в Цемесской бухте Новороссийска гидрографического катера БГК-775 и ГИСУ «Арктика». В настоящее время КЛ-25 базируется на Феодосию.
В начале 1990-х гг. в Варне стоял килектор КИЛ-158, предназначенный после завершения ремонта к переводу на Тихий океан.
С 31 марта по 3 апреля 1998 г. КИЛ-158 выполнило работы по постановке и съемке рейдового оборудования для обеспечения совместного российско-украинского учения «Бриз-98». В августе 1999 г. судно участвовало в подъеме затонувшего у причала в порту Новороссийска аварийно-спасательного судна. В 1998, 2001–2002, 2002–2003 гг. килектор находился на боевой службе в порту Тартус (САР). В период с октября 2007 по март 2008 г. судно прошло плановый ремонт в Варне (Болгария). Летом 2011 г. КИЛ-158 в составе отряда вспомогательных и спасательных судов флота принял участие в международном учении спасательных сил «Болд Монарх» у берегов Испании. На обратном пути судно осуществило деловой заход в греческий порт Пирей для демонстрации Российского флага и пополнения запасов. Общая продолжительность похода составила более полутора месяцев, в ходе которых килекторное судно прошло более 4000 миль.
В начале 1990-х гг. транспортный плавдок для подводных лодок ТПД-9 списан на слом, а военные транспорты ВТР-93 и ВТР-94 стояли в отстое. В ходе раздела Черноморского флота ВТР-93 1 августа 1997 г. отошел украинской стороне, вошел в состав ВМС Украины, где получил новое название «Джанкой» (бортовой U754). А ВТР-94 отошел российской стороне и в настоящее время входит в состав флота с базированием на бухту Южная, Севастополь, и активно используется по прямому предназначению.
Три буксира: МБ-160, МБ-173, МБ-174 (пр. 733) в 1997 г. отошли российской стороне. МБ-160 был выведен из состава Черноморского флота в 2008 г., экипаж расформирован, и буксир был поставлен на отстой в Южной бухте Севастополя. В начале 2009 г. буксир перевели на судоразделочную базу в Инкерман, где и разделали на металл. МБ-173 в 2013 г. входил в состав 1-й группы 205-го отряда управления вспомогательного флота с базированием на бухту Южная, Севастополь.
В настоящее кладбище превратилась 230-я щитовая станция, расположенная в бухте Стрелецкая. Семь больших и 18 малых корабельных щитов частью были разбиты при стрельбах, а частью полузатоплены.
СМ-15 в 1997 г. отошло украинской стороне. В ВМС Украины имело то же название, однако в строй не вводилось и по назначению не использовалось. Было исключено из состава ВМС 7 ноября 2012 г., по состоянию на осень 2013 г. находилось в бухте Стрелецкая (Севастополь) на отстое. СМ-294 в 1997 г. отошло российской стороне. В настоящее время используется по назначению, базируется на Феодосию.
СМ-304 в 1997 г. отошло российской стороне. К началу 2014 г. входило в состав 280-я щитовой станции ЧФ, базируется на бухту Стрелецкая (Севастополь).
Шесть рейдовых катеров, буксирный катер, шестнадцать баркасов и три вспомогательных судна находились в ветхом состоянии и годились лишь на слом.
Из состава 281-го управления начальника плавсредств главной базы флота было списано два морских буксира — МБ-34 и МБ-65, две баржи, рейдовый катер и плавкран. А военный транспорт ВТР-75 (пр. «Тисса») продан в 1991 г. киностудии, переоборудован для съемок под лайнер и утоплен в районе бухты Ласпи. По сценарию он изображал историю пассажирского парохода «Адмирал Нахимов». Наименование затопленного транспорта (ВТР-75) получило ОС-265, упоминавшееся ранее.
Служба тыла Черноморского флота располагала к началу 1990 г. кораблем управления «Ангара». Эта шикарная яхта командующего флотом являлась трофеем войны, но находилась в идеальном состоянии. 26 февраля 1995 г. по халатности экипажа в ее машинном отделении вспыхнул пожар. Потушить его корабельными средствами не удалось. Лишь с прибытием пяти городских пожарных машин удалось отстоять «Ангару» от огня. После пожара корабль восстанавливать не стали. С января 1996 г. «Ангара» переведена в ранг плавказармы и стала именоваться ПКЗ-14. На май 2014 г. корпус «Ангары» ржавел в Южной бухте Севастополя рядом с плавдоком ПД-16. А ведь в начале 1990-х за нее Германия выложила бы кругленькую сумму в валюте. Для немцев этот корабль ценен, как историческая реликвия минувшей войны.