В Севастополе списаны опытовые суда проекта 159: ОС-332 (бывший СКР-1) и ОС-333 (бывший СКР-30). ОС-332 1 февраля 1987 г. исключен из списков судов ВМФ и позже разделан на металл в Севастополе. ОС-333 28 сентября 1990 г. исключен из списков судов ВМФ в связи с разоружением и передачей Госснабу СССР для использования в служебно-вспомогательных целях и 1 октября 1990 г. расформирован.
Сдано на слом опытовое судно ОС-3 для испытаний новых типов глубоководных аппаратов. 29 июля 1994 г. экипаж опытового судна ОС-3 был расформирован, судно списано и исключено из состава флота.
Как уже говорилось, подозрительно быстро списано на слом опытовое судно «Диксон» (пр. 596.10), переоборудованное для испытаний лазерного оружия.
Полностью уничтожен старейший Феодосийский испытательный полигон и 311-й дивизион опытовых судов. Сдано на слом ОС-90 (пр. «Феолент») для испытаний лазерного оружия. Расстреляно, как мишень, ОС-34 (пр. 159), списаны опытовые суда ОС-149, ОС-225 (пр. 1236), а однотипные ОС-100 и ОС-138 переведены на Кавказ. Опытовые суда ОС-114 и ОС-220 (пр. 1824), имевшие в подводной носовой части по два торпедных аппарата, переоборудованы в транспорты. ОС-6 и ОС-21 списаны на слом. Торпедоловы ТЛ-1133, ТЛ-278, ТЛ-826 (пр. 1388) разбросаны по флотским базам, а ТЛ-858 (пр. 368) списан на слом. Водолазные боты ВМ-159 и ВМ-911 (пр. 535) переведены на Кавказ. Катер-мишень КМ-896 (пр. 1392) списан на слом, а водолазные катера РВК-184, РВК-474, РВК-475 переданы частным фирмам.
Огромные потери понес Черноморский флот в судах обеспечения. Большая часть их входила в 9-ю бригаду морских судов обеспечения (БРМСО). Ее крупнейший корабль комплексного снабжения «Березина» (пр. 1833) в 1993 г. был выведен в резерв. От планируемого перевода на Тихий океан этого гиганта отказались, так как все советские авианосцы преступно быстро списали на слом. Отказалось от «Березины» и командование Северного флота. В результате в 1997 г. 25 000-тонный гигант-снабженец списали на слом, хотя техническое состояние корпуса и механизмов было идеальное.
Два крупных военных танкера пр. 1559-В — «Борис Чиликин» и «Иван Бубнов» — были крайне изношены и нуждались в капитальном ремонте. Новый танкер «Свента» законсервировали. Госпитальное судно «Енисей» (пр. 320) водоизмещением 11 тыс. тонн поставили на приколе и превратили в плавгостиницу. Санитарный транспорт «Кубань» (бывший «Надежда Крупская») на момент развала флота ремонтировался в Болгарии, где 5 июля 1994 г. он был исключен из состава флота и продан за долги, переименован в «Сюзанну» и стал использоваться в качестве плавучей гостиницы. В 1998 г. был окончательно списан на слом и разделан на металл в Алиаге (Турция).
Лишь военный транспорт «Генерал Рябиков», выведенный из консервации, был укомплектован экипажем списываемой плавмастерской ПМ-9 и находился в готовности. В настоящий момент транспорт входит в состав Черноморского флота с базированием на Севастополь.
Из состава 472-го дивизиона морских судов обеспечения военный танкер «Десна» в 1993 г. ушел своим ходом (!) на слом в Индию, а танкер «Ельня» в 1996 г. переведен на Балтику. Военный транспорт «Мезень» в январе 1995 г. передан Украине. Транспорт-ракетовоз «Вилюй» в 1994 г. был выведен из состава флота и впоследствии продан коммерческой фирме (АО «Лиман»), где, получив новое название МТ-995, использовался как гражданский транспорт. В 1996 г. судно снова поменяло название на «Командор».
Крупный транспорт «Колхида» продали на слом в Турцию. Списали водоналивной танкер «Абакан» (в 1993 г.), водоналивной танкер «Сура» в 1997 г. был передан ВМС Украины, получив при этом название «Судак» (U756).
По разделу флота в 1997 г. рефрижераторное судно «Миус» отошло российской стороне. Базировалось на Южную бухту Севастополя. После длительного отстоя в Южной бухте в апреле 2012 г. судно поставлено в 91-й судоремонтный завод ЧФ РФ (Севастополь).
Рефрижератор-водолей «Маныч» (пр. 1549) находился на долгом ремонте в Болгарии. В 2010 г. судно получило новый экипаж с перечислением в состав Северного флота и 1 июня 2011 г. убыло из Севастополя, взяв курс на свое новое место приписки — Мурманск.
Лишь плавмастерские ПМ-56, ПМ-138 (пр. 304), ПМ-24, ПМ-26 (пр. 301М) и морские буксиры МБ-30, МБ-304 (пр. 745), МБ-36 (пр. 714) пребывали в хорошем техническом состоянии.
Из состава 57-го дивизиона морских и речных судов обеспечения (ДМРСО) танкеры «Иргиз» (пр. 512) и «Золотой Рог» были переведены на Балтику.
Большое кабельное судно «Цна» (пр. 1112) в 1993 г. отошло ВМС Украины, где получило новое название «Новый Буг» (бортовой номер U851). После долговременного отстоя у причала и разграбления судно было выведено из состава ВМСУ и в начале 2000-х гг. продано частному украинскому предприятию «Экотех» (г. Симферополь), получив новое название «Экотех». Прошло восстановительный ремонт и модернизацию на Севморзаводе в Севастополе. Судно «Экотех» было введено в эксплуатацию в ноябре 2005 г., флаг поднят 4 ноября 2005 г., порт регистрации — Севастополь. В 2008 г. судно прошло докование и реновацию корпуса. Судно «Экотех» базировалось на бухту Камышовую, Севастополь. В конце августа 2011 г. судно-кабелеукладчик «Экотех» было приобретено российской группой компаний DSMU для ООО «ДСМУ-Газстрой». 23 октября 2011 г. судно получило новое название «Академик Андреев», порт приписки — Новороссийск.
Гидроакустическое судно физического поля СФП-322 (пр. 1806) поставили на отстой, как предназначенное для передачи Украине, а все его оборудование разграбили. 1 июля 1997 г. судно было передано ВМС Украины, получив там название «Северодонецк» (бортовой номер — U812).
В терпимом .состоянии находились лишь малые танкеры «Дон» (пр. 1541), ВТН-38 (пр. 1844Д), «Индига», «Сейма» (пр. 437М), «Истра», кабельное судно «Сетунь» (пр. 1172), да рейдовые буксиры и катера в количестве пяти единиц.
Сокращению подверглась 58-я группа морских и речных судов обеспечения (МРСО) с рейдовым буксиром РБ-136, тремя плавкранами и двумя грейдерами.
Была ликвидирована 61-я группа МРСО, в количестве 13 плавсредств, базировавшаяся на Поти. Часть захвачена Грузией, несколько буксиров успели уйти в кавказские порты России. Учебное судно «Тура» (пр. 860Б) в 1995 г. списали в Севастополе и продали на слом за рубеж.
Под украинский флаг перешла 70-я группа МРСО, базировавшаяся на Измаил. Черноморский флот потерял речные трофейные буксиры РБ-27, РБ-69, плавмастерскую ПМ-66, судно размагничивания СР-139, плавкран, семь крупных барж снабжения и пять буксирных и рейдовых катеров. Украине досталась и береговая инфраструктура Дунайской флотилии.
Под юрисдикцию Украины полностью перешла и Одесская 74-я группа МРСО. Украинский флаг взметнулся над морским буксиром МБ-158 (пр. 730), транспортом «Руза», танкером ВТН-81 (пр. 1844), судном размагничивания СР-173, баржами, мусоросборщиками, водолазными и рейдовыми катерами. Всего Черноморский флот потерял здесь 15 плавсредств и береговую инфраструктуру Одесской базы.
При оставлении базы в Феодосии был расформирован 132-й ДМРСО в составе более чем тридцати единиц. Списан на слом килектор КИЛ-13 (пр. 706). Сданы на разборку суда размагничивания СР-152, СР-174, СР-185 и РСР-426, суда-мишени СМ-178 и СМ-244. Разбрелись по азовским базам и Кавказу морские буксиры МБ-39, МБ-51, МБ-66, рейдовые буксиры РБ-44 и РБ-237, пожарный катер ПЖК-46. Часть их к 1997 г. уже списали на слом. Девять барж снабжения и плавкран уведены в Темрюк, а несколько рейдовых и разъездных катеров проданы коммерсантам.