Монитор «Ударный» и 1-й отряд бронекатеров 13 сентября взаимодействовали с частями 18-й армии в районе Каменка Днепровская.
По приказанию замнаркома ВМФ вице-адмирала Левченко Тендровский боевой участок был разделен на два направления: Северное и Восточное. Части этого участка при поддержке кораблей флотилии удерживали занимаемый рубеж.
Плавсредства и корабли флотилии в течение дня 14 сентября подвергались неоднократным атакам авиации противника. Канонерка «Днестр» получила несколько осколочных повреждений, четыре человека были ранены. При переходе к Ак-Мечети на канонерке «Буг» попаданием снаряда были выведены из строя 130-мм пушка и все зенитные средства.
Монитор «Железняков» 14 сентября действовал в районе Свободный порт, а монитор «Ударный», минный заградитель «Колхозник», 2-й, 3-й и 4-й отряды бронекатеров — в устье Днепра. В это время монитор «Мартынов» с 1-м отрядом бронекатеров по-прежнему взаимодействовал с частями 18-й армии.
15 сентября части Тендровского боевого участка удерживали занимаемые позиции по фронту: 2 км западнее Старой Збурьевки, Кротков, Чулаковка, Безтеры, Железный порт. Монитор «Ударный» с шестью бронекатерами действовали в районе устье протоки Конка — устье Днепра, оказывая содействие левому флангу боевого участка у Старой Збурьевки. Два бронекатера взаимодействовали с батареями на острове Первомайский. Монитор «Мартынов» и 1-й отряд бронекатеров продолжали взаимодействие с частями 18-й армии в районе Никополь — село Каменка Днепровская. Монитор «Железняков» с бронекатером действовали в районе Свободного порта.
15 сентября канонерская лодка «Буг» прибыла в Ак-Мечеть, а другая — «Днестр» — находилась на переходе в Одессу. Дивизион катеров-тральщиков и минный заградитель «Колхозник» были на переходе в Егорлыцкий залив.
16 сентября приказом наркома ВМФ контр-адмирал Абрамов был снят в должности командующего Дунайской флотилией, а вместо него назначен контр-адмирал Александр Сергеевич Фролов. Ему было 39 лет. В 1932 г. он окончил курсы при Военно-Морской академии, с июля 1941 г. командовал Новороссийской военно-морской базой. По разным данным, непосредственно в командование Дунайской флотилией Фролов вступил между 19 и 22 сентября 1941 г.
Рано утром 17 сентября немцы начали новое наступление на позиции 9-й армии. К 16 часам они заняли селения Екатериновка, Антоновка и Терново. На Тендровском боевом участке немцы заняли селения Ново-Федоровка и Железный порт, а в районе Очакова сосредотачивали переправочные средства.
Разведка Дунайской флотилии обнаружила накопление сил противника у Новой Збурьевки, северо-западнее Келе-гей и западнее села Кларовка.
17 сентября монитор «Железняков» в районе Покровки и монитор «Ударный» с бронекатерами в районе протоки Конка — села Шабы огнем своей артиллерии поддерживали левый фланг боевого участка. В это время «Железняков» был атакован 17-ю самолетами противника, однако повреждений не получил. Во второй половине дня он перешел в Свободный порт.
Монитор «Мартынов» и два бронекатера обстреливали немцев в районе Тарасовки и уничтожили две их пулеметные точки.
При прорыве вспомогательных кораблей в ночь на 18 сентября в районе острова Первомайский подорвались две баржи, подорвалась и затонула плавбаза бронекатеров, буксиры при этом получили незначительные повреждения.
18 сентября по всему Тендровскому боевому участку шли ожесточенные бои. Немцы заняли Железный порт. Наши части с большими потерями отходили на рубеж село Рыбальче — озеро Оджиголь — Черниговка — Облои-I. К 18 часам уже не было общей линии фронта.
Монитор «Ударный» из района Покровки и бронекатера из района Заборина — Шабы поддерживали левый фланг боевого участка вблизи Рыбальче. Немецкие самолеты дважды бомбили «Ударный» в районе Покровки, монитор огнем своей зенитной артиллерии сбил один самолет.
В районе о. Первомайский — село Рыбальче действовали 2-й, 3-й и 4-й отряды бронекатеров, а в районе Покровки — мониторы «Ударный» и «Железняков», минный заградитель «Колхозник», дивизион катеров-тральщиков и сторожевой катер МО.
Канонерские лодки-«Буг» и «Днестр» по распоряжению Военного совета Черноморского флота были направлены в Одессу для ее обороны.
В связи с отходом наших войск от Днепра, согласно решению командующего Дунайской флотилией, основанному на донесениях командира отряда лейтенанта Л-С. Шика и разрешении командующего 18-й армией, в 4 ч. 18 мин. 18 сентября в 4 км выше села Благовещенское в протоке Конка были взорваны монитор «Мартынов» и бронекатера № 101, 102, 103 и 104 из 1-го отряда.
19 сентября на Тендровском боевом участке немцы заняли село Рыбальче. Командир Тендровской ВМБ доложил Военному совету Черноморского флота, что средств для эвакуации островов Березань и Первомайский на базе нет. Авиация противника бомбит базу каждый день и потопила болиндер [18] . Обстановка сложная, эвакуация частей с островов может потребоваться немедленно.
В связи с усложнившейся обстановкой Военный совет Черноморского флота приказал командиру Тендровской ВМБ ближайшей ночью с помощью болиндеров, буксиров и лайб эвакуировать остров Первомайский, а затем остров Березань, чтобы противник не мог их отрезать; вывезти оттуда артиллерию, имущество, спасти для Тендры зенитные батареи, а все, что не удастся вывезти, — уничтожить.
19 сентября бронекатера № 202, 205, 302, 303 и 401 продолжали поддерживать левый фланг Тендровского боевого участка, действуя в районе села Рыбальче. А бронекатера № 201, 204, 105 и 402 были подчинены коменданту острова Первомайский для отражения возможных попыток немцев высадить десант.
Мониторы «Ударный» и «Железняков» стояли у Кинбурнской косы, имея задачу «не допустить высадку противника на Кинбурнскую косу через Днепровский лиман». Любопытно, как представляли себе наши начальники форсирование немцами лимана? На надувных лодках? Вместо этого немцы послали авиацию. Монитор «Ударный» был потоплен попаданием авиабомбы, вызвавшей детонацию боезапаса в погребах. Вместе с кораблем погибли его командир капитан-лейтенант Прохоров и 55 человек команды. Монитор «Железняков» получил повреждения от близких разрывов бомб.
20 сентября противник превосходящими силами теснил наши части в районе Рыбальче — Ивановка, неся при этом большие потери. Бронекатера продолжали оказывать огневое содействие частям Тендровского боевого участка на левом фланге, обстреливая немецкие войска в Старой Збурьевке и дорогу Старая Збурьевка — Тузла. Четыре бронекатера несли дозор в районе острова Первомайский. Корабли, базировавшиеся на Покровку — Тендру, отражали неоднократные атаки самолетов, которыми немцы противодействовали работам по устройству причалов у Покровки и эвакуации тыловых учреждений Дунайской флотилии.
21 сентября под натиском превосходящих сил противника части Тендровского боевого участка отошли на рубеж Бузовой — Егорлыцкий залив, оставив Свободный порт. Бронекатера, поддерживая левый фланг Тендровского боевого участка, вели огонь по немецкой пехоте в районе Шабы. Четыре бронекатера продолжали нести дозор и взаимодействовали с гарнизоном острова Первомайский.