Опубликованный императорский указ от 13 января 1807 г. определял следующую схему работы вновь созданного комитета. При открытии дел по важным преступлениям местные власти должны были немедленно через петербургскую полицию и военного губернатора передавать их в Комитет общей безопасности, который согласно с обстоятельствами предпишет им порядок следствия и будет наблюдать за его ходом вплоть до завершения. Результаты расследования губернское начальство затем направляло на ревизию в комитет. Министрам следовало информировать этот орган о том, кого они намерены выслать за пределы страны, а кого задержать. Все государственные учреждения и должностные лица обязаны были предоставлять комитету необходимые сведения и выполнять его предписания. Упомянутая выше секретная же инструкция Новосильцева для этого органа госбезопасности требовала «предусматривать все то, что могут произвести враги государства, принимать сообразные меры к открытию лиц, посредством коих могут они завести внутри государства вредные связи и отвращать или искоренять благовременно такое зло». Каналы информации были те же самые, что и предусматривались для Комитета 1805 г. Штат Особенной канцелярии Комитета общей безопасности по указу от 13 января 1807 г. был определен в 23 человека. С образованием канцелярии комитет окончательно оформился как центральный следственно-судебный орган по политическим делам империи. Администрации и полиции на местах вменялось предварительное дознание или краткое следствие дел, и они поступали затем для более глубокого расследования в Комитет общей безопасности, решения которого утверждались лично царем. Большинство рассмотренных этим органом дел тем или иным образом было связано с наблюдением за лицами, подозревавшимися в работе на французскую разведку или состоящими в масонских ложах, за распространителями слухов и пасквилей. Основная работа организации сыска легла на плечи обер-полицмейстера, будущего министра полиции А.Д. Балашова, который представил на утверждение императору «Примерное положение полицейской экспедиции», где конкретно определялись штат, жалованье, «необходимые свойства» служащих и их должности. Будущие сотрудники должны были «слышать, выведывать, проникать в образ мыслей всех и каждого».
Комитет общей безопасности просуществовал до начала 1829 г., однако наиболее интенсивно он работал в первые годы, когда его члены собирались на заседания регулярно раз в неделю. Так, если с 1807 по 1810 г. состоялось 170 заседаний комитета, то в период с 1811 по 1829 г. – лишь 195. Соответственно в первые четыре года в комитет поступило 94 дела, из которых он рассмотрел 57, а в последующие 19 лет – 57 дел, из которых было рассмотрено 36. Столь резкое снижение активности Комитета общей безопасности объясняется тем, что в 1810 г. Александром I было образовано Министерство полиции, повлекшее за собой существенное перераспределение полномочий. Инициатором создания нового министерства был М.М. Сперанский.
Хотя комитет 1807 г. являлся центральным органом политического сыска в стране, параллельно с ним в Петербурге (при генерал-губернаторе) и Москве (при обер-полицмейстере) существовала особая секретная полиция, подчинявшаяся одновременно и Министерству внутренних дел. «Долг сего таинственного отделения полиции, – указывалось в секретном предписании московскому обер-полицмейстеру от 8 января 1807 г., – главней состоять будет в том, чтоб получать и ежедневно доносить вам все распространяющиеся в народе слухи, молвы, вольнодумства, нерасположение и ропот, проникать в секретные сходбища... Допустить к сему делу людей разного состояния и различных наций, но сколько возможно благонадежнейших, обязывая их при вступлении в должность строжайшими, значимость гражданской и духовной присяги имеющими реверсами о беспристрастном донесении самой истины и охранения в высочайшей степени тайны... Они должны будут, одеваясь по приличию и надобностям, находиться во всех стечениях народных между крестьян и господских слуг; в питейных и кофейных домах, трактирах, клубах, на рынках, на горах, на гуляньях, на картечных играх, где и сами играть могут, также между читающими газеты – словом, везде, где примечания делать, поступки видеть, слушать, выведывать и в образ мыслей проникать возможно».
Секретная экспедиция при московской полиции состояла из 27 человек, и денег на ее содержание отпускалось гораздо больше, чем на канцелярию Комитета общей безопасности. Стремление создавать дублирующие и в силу этого неизбежно конкурирующие друг с другом структуры политического сыска было характерно для Александра I, этого «настоящего византийца», как отозвался о русском царе имевший с ним дело Наполеон. Результаты подобной «византийской политики» довольно быстро привели к абсурдному положению дел, описанному военным историком генерал-лейтенантом А.И. Михайловским-Данилевским:
«В Петербурге была тайная полиция: одна в Министерстве внутренних дел, другая у военного генерал-губернатора, а третья у графа Аракчеева. (...) В армиях было шпионство тоже очень велико: говорят, что примечали за нами, генералами, что знали, чем мы занимаемся, играем ли в карты и тому подобный вздор».
Бестолковая организация сыска помножалась при этом на низкие профессиональные качества занимавшихся им агентов, по поводу которой со знанием дела впоследствии писал декабрист Г.С. Батеньков:
«Разнородные полиции были крайне деятельны, но агенты их вовсе не понимали, что надо разуметь под словами карбонарии и либералы, и не могли понимать разговора людей образованных. Они занимались преимущественно только сплетнями, собирали и тащили всякую дрянь, разорванные и замаранные бумажки, их доносы обрабатывали, как приходило в голову».
Неудивительно, что при подобном положении дел Александр I так и не получил той секретной полиции, о которой мечтал. Опасаясь чрезмерного, по его мнению, сосредоточения власти в каком-либо одном органе, император с подачи М.М. Сперанского в 1810 г. создает особое Министерство полиции. При этом Комитет общей безопасности (просуществовавший до 1829 г.) и обе столичные «сокровенные полиции» не были упразднены, а взаимоотношения всех четырех органов политического сыска друг с другом никогда не определены.
Министерство полиции было учреждено 17 августа 1810 г. согласно закону «О разделении государственных дел по министерствам». При создании этой структуры М.М. Сперанский взял за образец наполеоновскую полицию, возглавлявшуюся знаменитым Фуше. Министерство состояло из двух канцелярий (Общей и Особенной) и трех департаментов.
Департамент полиции исполнительной ведал административно-полицейским аппаратом, тюрьмами и рекрутскими наборами.
Департамент полиции хозяйственной занимался продовольственными делами и учреждениями общественного призрения.
Департамент полиции медицинской – врачебным персоналом, «заготовлением медикаментов» и снабжением медицинских учреждений. Единого исполнительного органа министерство не имело, и на местах его функции выполняли губернаторы.
25 июня 1811 г. было обнародовано новое распределение дел между министерствами, согласно которому вновь учрежденному полицейскому ведомству были поручены все дела «внутренней безопасности». В этих целях в составе министерства был образован специальный орган – Особенная канцелярия. На нее возлагались «дела по ведомству иностранцев и заграничным паспортам», «цензурная ревизия» и «дела особенные». Под «особенными делами» понималось пресечение любых форм антиправительственной деятельности, будь то борьба со слухами или различными проявлениями крестьянского и общественного движения, надзор за «политическими настроениями» различных слоев населения, деятельностью масонских лож и религиозных сект. В этот круг дел входила и борьба с иностранным шпионажем, причем исследователи отмечают, что примерно четверть из сохранившихся в архиве дел Особенной канцелярии посвящена этому виду антигосударственной деятельности, что позволяет говорить о ее отчетливо выраженной контрразведывательной функции. Штат канцелярии состоял из правителя, трех столоначальников, трех старших и трех младших помощников столоначальников, экзекутора, начальника архива, его помощника, нескольких чиновников по «особым поручениям».