Пайщики экспедиции были крайне недовольны тем, что экипажи самовольно разграбили каррак. Королева Елизавета, вложившая в предприятие три тысячи фунтов стерлингов, уполномочила вышеупомянутую комиссию проверить положение дел на месте, определить подлинную ценность добычи и дивиденды пайщиков. Комиссионеры, проведя расследование, установили, что большая часть награбленного осела на кораблях графа Камберленда. Общая стоимость захваченного была оценена ими в 150 тысяч фунтов стерлингов, хотя сэр Джон Хокинс полагал, что в действительности добыча стоила 500 тысяч фунтов стерлингов. Елизавета, получив дивиденды в размере 90 тысяч фунтов стерлингов, удовлетворилась этой «кругленькой» суммой и не стала докапываться до истины.
Вернув былое расположение королевы, Дрейк в день Нового года презентовал ей отчет о своей экспедиции в Номбре-де-Дьос в 1572 году и захвате «серебряного каравана» на Панамском перешейке. Одновременно он намекнул Елизавете, что с гораздо большим рвением готов служить ей на море, чем предаваться воспоминаниям о своих былых подвигах.
В феврале 1593 года открылось заседание парламента, на котором обсуждались перспективы войны с Испанией и рассматривалась вероятность испанского вторжения в Англию. Сэр Фрэнсис участвовал в его работе, будучи депутатом от Плимута. Парламентариев особенно волновала активность испанских войск в Бретани, откуда их легко было перебросить на побережье туманного Альбиона. В конце концов был принят билль о субсидировании морской экспедиции, которую должен был возглавить Дрейк, но проект так и остался на бумаге.
Между тем захват испанскими войсками позиций в районе Бреста не на шутку встревожил Елизавету. Весной было решено отправить туда армию под командованием сэра Джона Норриса. Командование кораблями экспедиции передали сэру Мартину Фробишеру, уже находившемуся в море. До июля Фробишер крейсировал у берегов Бретани с эскадрой из шести королевских галеонов, препятствуя подвозу испанским войскам подкреплений. Затем, получив под свое командование флот из восьмидесяти судов, он обеспечил высадку армии Норриса в Пэмполе и отправился блокировать испанцев в Крозоне — крепости, находившейся на одноименном полуострове к югу от Бреста. В ноябре туда подошли также сухопутные отряды англичан. Гарнизон крепости, насчитывавший несколько сотен солдат, отчаянно защищался; англичане несли огромные потери. В конце концов, потеряв полторы тысячи человек, Норрис и Фробишер взяли это укрепление. Во время решающего штурма Фробишер получил серьезное ранение и вскоре после возвращения в Плимут скончался.
Угроза испанского вторжения в Англию с территории Бретани заставила правительство и власти приморских городов Девона и Корнуолла предпринять дополнительные меры по укреплению береговой обороны. Так, в одном из писем Дрейка, датированном 20 января 1594 года, упоминается о строительстве в Плимуте новых фортификаций.
Когда опасность испанского нападения на юго-западное побережье туманного Альбиона была устранена, при дворе Елизаветы снова начали подумывать о том, чтобы атаковать испанцев на их собственных берегах. Королева «подбросила» эту идею парламенту, и тот охотно поддержал ее. Дрейк взялся за подготовку новой экспедиции, главной целью которой была Панама. К несчастью, Елизавета больше не верила в счастливую звезду сэра Фрэнсиса и быстро подыскала ему напарника в лице уже немолодого сэра Джона Хокинса.
Королева согласилась вложить в предприятие 30 тысяч фунтов стерлингов и передать экспедиции корабли «Дифайенс» (550 тонн, командир адмирал Дрейк), «Гарленд» (660 тонн, командир вице-адмирал Хокинс), «Элизабет Бонавенчур» (600 тонн, командир капитан Джон Труфтон), «Хоуп» (600 тонн, командир капитан Гилберт Йорк), «Форсайт» (300 тонн, командир капитан Уильям Уинтер, сын сэра Уильяма Уинтера из министерства флота) и «Эдвенчур» (340 тонн; это был старый «Булл», перестроенный в галеон; командир — капитан Томас Дрейк). Частные инвесторы выделили 60 тысяч фунтов стерлингов (взнос Дрейка составил 12 842 фунта) и снарядили в общей сложности два десятка судов, в том числе «Конкорд» (330 тонн), «Эмити» (200 тонн), «Сьюзен Бонавенчур» (250 тонн), «Соломон» (246 тонн), «Сэкер» (246 тонн), «Элизабет» (194 тонн), «Джюэл» (130 тонн), «Пегас» (80 тонн), «Литтл Джон» (100 тонн), «Иксчейндж» (140 тонн), «Дилайт» (50 тонн), «Джон Бонавенчур» (200 тонн), «Элизабет Констант» (70 тонн) и другие. Кроме того, в разобранном виде на борт взяли 14 пинасов.
Поручение Дрейка датировано 25 января 1595 года. Когда в Англии узнали, что сэр Фрэнсис снова готовится к какому-то заморскому предприятию, от желающих записаться в экспедицию волонтерами не было отбоя. Слухи об этих приготовлениях докатились и до Пиренейского полуострова. Шпионы доносили в Лондон, что в марте — апреле в испанской армии началось массовое дезертирство — убежало от восьми до девяти тысяч солдат, а из Лиссабона начался исход жителей. Люди были в панике, у всех на устах было лишь одно страшное имя — Дрейк! Лучшего времени для нанесения удара по владениям короля Филиппа трудно было представить, но, как всегда, снаряжение экспедиции затягивалось. Сэр Томас Баскервиль, назначенный командующим сухопутными силами в ранге генерал-полковника, получил свое поручение лишь 22 мая. К этому времени испанский «серебряный флот», нападение на который планировалось в качестве одной из целей экспедиции, благополучно вернулся из Вест-Индии в метрополию. В Португалии паника тоже прекратилась, и благоприятный момент для нападения был безвозвратно упущен.
Работы по снаряжению экспедиции оживились лишь в июле. Дрейк полагал, что корабли будут готовы к выходу в море к концу месяца. Сэр Томас Горгес привез ему новые инструкции, но в это время возникло еще одно препятствие — все юго-западные графства охватила тревога, вызванная неожиданным появлением испанцев. Четыре вражеские галеры и несколько пинасов между 23 и 25 июля высадили на побережье Корнуолла десант из шестисот солдат. Местные жители не смогли оказать им сопротивление, предпочитая спасаться бегством. Сэр Фрэнсис Годолфин с большим трудом собрал в Пензансе отряд из двухсот ополченцев, однако вскоре почти все они разбежались. Молва разнесла также слух о том, что около сорока вражеских судов появилось возле Фалмута. Губернатор Фалмутского форта Ганнибал Вивиан написал Дрейку и Хокинсу: «Прошу вас, если ваши корабли еще не готовы сражаться, прислать сюда кого-нибудь из их командиров, умеющих осуществлять военное руководство, поскольку они здесь крайне необходимы и могут понадобиться, если испанцы высадятся на сушу». В Корнуолл тут же отправили генерал-лейтенанта сэра Николаса Клиффорда и трех капитанов, а Дрейк вывел в море несколько сторожевых кораблей.
Тревога, однако, оказалась ложной, никаких крупных испанских сил у берегов Англии не было. Позже выяснилось, что испанцы, укрепившиеся в Блаве, выслали в море несколько галер под командованием капитана Карлоса де Амесолы, чтобы напасть на Нормандские острова. На побережье Бретани они захватили Пенмарк, потребовали с его жителей выкуп, а затем, не сумев из-за противных ветров пробиться к главной цели своей экспедиции — Нормандским островам, повернули на север, к островам Силли. Испытывая недостаток в питьевой воде, рейдеры высадились в Маусхоле, Ньюлине и Пензансе и разорили эти беззащитные деревни. Оттуда они планировали отправиться в Бристольский залив, но, услышав, что их разыскивает сам Дрейк, испугались и убрались восвояси.