После полудня, отправив 300 солдат сжечь соседнюю рыбачью деревню и опустошить окрестные усадьбы, командование экспедиции собралось на военный совет. Учитывая, что потери от болезней и полученных ран неуклонно возрастали (умер и контр-адмирал флота Уильям Феннер), Дрейк предложил разделить силы на две части. Сам он с двадцатью кораблями собирался отправиться к Азорским островам на охоту за «серебряным флотом»; Норрис с остальными должен был возвращаться в Англию.
Покидая Виго, англичане сожгли город дотла.
«В этот день, — сообщает Энтони Уингфилд, — некоторые моряки без приказа высадились на берег на противоположной стороне реки, желая пограбить; они были выбиты врагом из их шлюпок и [позже] наказаны генералами за свои действия, поскольку ушли без разрешения».
Когда английские корабли продвинулись к выходу из бухты, на них снова обрушился шторм. 33 судна, включая «Форсайт» с сэром Эдвардом Норрисом на борту, были отброшены назад к Виго и стали на якорь в глубине бухты. Остальные корабли Дрейк успел вывести в открытое море, где на следующий день жестокие ветры рассеяли их в разные стороны. Два корабля потерпели крушение, а Уильям Феннер-младший, преследуемый испанскими галерами, бежал в сторону Мадейры, где надеялся встретиться с остальными кораблями флота. Так же поступил и капитан Кросс.
Сэр Джон Норрис вернулся в Байону, где, связавшись со своим братом, решил придерживаться недавно принятого плана, то есть идти домой. Что касается Дрейка, то ему не удалось осуществить свою часть проекта. Его флагман «Ривендж» дал течь и был отброшен в сторону от остальных кораблей. Едва держась на плаву, он взял курс на Плимут, куда и прибыл в конце месяца.
В целом экспедиция 1589 года не оправдала возлагавшихся на нее надежд и принесла ее организаторам и участникам убытки. Хотя информация испанских шпионов о том, что в ней умерло «18 тысяч человек, включая 900 офицеров и джентльменов», выглядит явным преувеличением, тем не менее людские потери действительно были значительными. По данным Кэмдена, домой вернулись около шести тысяч человек. Современные авторы варьируют цифры потерь от 4,5 тысячи до 11 тысяч человек, допуская, что всего в экспедиции могло участвовать 13,5 тысячи человек. Добыча, доставленная в Англию, включала около 150 бронзовых пушек и ганзейские суда, оцененные в 30 тысяч фунтов стерлингов. Грабеж и сожжение нескольких городов на Пиренейском полуострове, конечно, нанесли немалый ущерб испанской казне, но не наполнили кошельки англичан звонкой монетой. Огромные расходы на снаряжение флота и сухопутных сил — 100 тысяч фунтов стерлингов — так и не были покрыты. Неудивительно, что осенние дебаты в Тайном совете проходили бурно и завершились не в пользу командующих экспедицией. Дрейк впал в немилость при дворе, а заодно потерял расположение толстосумов Сити, ожидавших от португальского предприятия прежде всего коммерческого успеха.
Рядовые солдаты и матросы, участвовавшие в экспедиции, получили на руки лишь по пять шиллингов, и им разрешили оставить себе ручное оружие. Охваченные гневом, они двинулись мятежной толпой на Лондон. Лорд-мэру столицы пришлось мобилизовать две тысячи солдат, которым с большим трудом удалось утихомирить ветеранов Дрейка. Четверых зачинщиков бунта немедленно судили и приговорили к смертной казни через повешение. Перед казнью один из них с горечью крикнул:
— Это и есть плата, которую вы даете солдатам, сражающимся за вас!
В последующие годы война против Испании свелась к приватирским операциям, главной целью которых был грабеж испанских и португальских торговых судов и прибрежных поселений (как в метрополии, так и в колониях). Дрейк не участвовал в них, занявшись делами на берегу. В начале мая 1590 года он отправился в Плимут, имея приказ усилить его защиту. Сэр Фрэнсис организовал сбор горючих материалов и судов, чтобы можно было снарядить брандеры и уничтожить испанский флот, если тот попытается угрожать городу. Позже он возглавил эскадру из сорока судов, которая крейсировала на входе в Ла-Манш и провела разведку у берегов Бретани. Осенью несколько испанских отрядов высадились на указанном побережье, и Елизавета хотела иметь ясную картину, чем они там занимаются и смогут ли французы самостоятельно справиться с ними. В ноябре Дрейк написал письмо принцу Генриху Бурбону, в котором объяснил цель своего визита в воды Бретани и попросил принца обрисовать ситуацию в провинции. Принц прислал адмиралу учтивый ответ, сообщив, что их общий враг занял Аннебон и укрепился в соседнем порту Блаве (в устье одноименной реки, возле современного Лорьяна).
Вернувшись на родину из упомянутой экспедиции, Дрейк несколько лет не выходил в море. Он поселился в своем поместье Бакленд-Эбби и время от времени наведывался по служебным делам в Плимут. Там он занимался укреплением оборонительных сооружений, а также вложил часть собственных денег в строительство водовода, главным подрядчиком которого он был. Канал рыли с декабря 1590 года по апрель 1591-го усилиями тридцати пяти рабочих, причем Дрейк принял личное участие в церемонии, посвященной началу строительства. Водовод представлял собой канаву шириной шесть футов и глубиной два фута. Русло его было извилистым и имело небольшой наклон — так, чтобы вода в нем текла не слишком быстро и не размывала берега. 24 апреля 1591 года ректор Миви благословил введение водовода в эксплуатацию. Легенда рассказывает, что Дрейк скакал впереди водного потока на белом коне, «указывая ему путь в город».
Сэр Фрэнсис должен был заплатить строителям водовода 200 фунтов стерлингов и еще 100 фунтов стерлингов выплатить в виде компенсации собственникам земель, по которым проложили эту водную артерию. В реальности, однако, он заплатил за строительство лишь 100 фунтов, а собственникам земель — 60 фунтов, сэкономив, таким образом, 140 фунтов стерлингов.
Старую мельницу, через которую прошел водный поток, Дрейк предусмотрительно взял в аренду. Кроме того, судя по записям в плимутских архивах, «до дня Михаила Архангела он построил еще шесть мельниц: две — в Уайди и четыре — в этом городе, а также различные водопроводы». Все упомянутые мельницы сэр Фрэнсис тоже взял в аренду сроком на 67 лет. Таким образом, «общественный» водовод фактически использовался для обслуживания мельничного бизнеса предприимчивого адмирала.
В ноябре 1592 года Дрейка неожиданно вызвали в Лондон, чтобы обсудить с ним какой-то новый заморский проект. Речь, вероятно, шла об организации экспедиции в Номбре-де-Дьос и Панаму. Кроме того, Дрейк вместе с Робертом Сесилом (сыном лорда Берли), Уолтером Рэли, Ричардом Хокинсом, Томасом Миддлтоном и Ричардом Киллигрю был включен в состав комиссии по расследованию дела о захвате английскими приватирами богатого португальского каррака «Мадри ди Диуш». В трюмах этого семипалубного 37-пушечного корабля находилось 900 тонн груза из Индии, в том числе 537 тонн перца, корицы, мускатного ореха, амбры, шелка, слоновой кости, алмазов, жемчуга, рубинов, золота и серебра. Такой фантастической добычи, взятой после почти суточного кровавого сражения, еще никому из корсаров не удавалось захватить. В штурме и грабеже каррака участвовали команды сразу шести кораблей. Из различных документов известно, что это были «Голден драгой» капитана Кристофера Ньюпорта, «Пруденс» капитана Хью Меррика, «Тайгер» капитана Джона Нортона, «Сэмпсон» капитана Абрахама Кока, «Форсайт» капитана Роберта Кросса и «Дэнти» капитана Томпсона. Джон Барэ, командовавший кораблем сэра Уолтера Рэли «Роубак», осуществлял общее руководство операцией. Вместе с призом они должны были вернуться в Дартмут, но фактически в порт назначения 7 сентября 1592 года прибыли лишь «Мадри ди Диуш» и адмиральское судно; корабли графа Камберленда «Тайгер» и «Сэмпсон» пришли с добычей в Плимут.