Неожиданно в море было замечено торговое судно. Его шкипер и матросы сообщили, что 14 мая видели большой флот, который пытался выйти из гавани Лиссабона. Испанских кораблей было так много, что «они не смогли пересчитать их». По примерным оценкам, армада насчитывала от ста пятидесяти до двухсот судов. Проанализировав полученную информацию, Дрейк предположил, что этот флот должен либо сразу направиться в сторону Англии, либо зайдет на промежуточную галисийскую базу — в Виго или Ла-Корунью. В первом случае испанцы должны были бы уже быть возле Плимута. Но поскольку в указанном месте их до сих пор не было, следовательно, решил Дрейк, армада зашла в один из портов Галисии. Отсюда напрашивался вывод: необходимо как можно быстрее идти в Испанию и разбить неприятеля у его собственных берегов.
Хоуард и другие члены военного совета согласились с точкой зрения вице-адмирала, но письмо от Уолсингема, датированное 9 июня, привело всех их в уныние. Госсекретарь сообщал, что королева строжайше запретила им уходить с флотом далеко от родных берегов. Елизавета боялась, что ее флот мог разминуться с кораблями армады, вследствие чего побережье Англии осталось бы без защиты с моря. Оптимальным вариантом, по ее мнению, было бы крейсирование английских эскадр в акватории между Испанией и Британскими островами.
Хоуарду и его совету опасения ее величества показались надуманными, однако идти против монаршей воли они не могли. «Я должен и буду повиноваться, — написал лорд-адмирал в ответном письме. — Рад, что там [при дворе] лучше нас знают, как нам следует здесь поступить, хотя согласно инструкциям, полученным мною, я намеревался действовать иначе. Впрочем, теперь я задвину их в долгий ящик».
Корабли армады, воспользовавшись легким бризом с суши, покинули устье Тежу 20 мая. Еще до отплытия участники похода исповедались и приняли святое причастие. Всем им под угрозой жестоких наказаний было запрещено приводить на борт «легкомысленных девиц», скандалить, носить кинжалы, драться и играть в азартные игры. Кроме того, придерживаясь королевских инструкций, герцог приказал «принимать специальные меры по отношению к любому моряку, солдату или любому иному лицу в армаде, чтобы они не смели богохульствовать и не отрекались от Бога, Святой Девы и святых под страхом самого сурового наказания». Каждый день капелланы должны были читать у грот-мачты утреннюю молитву, а на закате — Ave Maria.
Большинство испанских кораблей было названо в честь апостолов и святых католической церкви. На мачте флагманского галеона «Сан-Мартин» развевался королевский штандарт: на одной его стороне были изображены Иисус Христос и герб Испании с девизом: «Восстань, Господь, и защити дело Твое», на другой — рядом с образом Девы Марии было написано: «Покажи им, что ты мать».
Первое рандеву — в случае непогоды и рассеивания кораблей у родных берегов — предусматривалось в Ла-Корунье, второе — вблизи юго-западной оконечности Англии, у островов Силли. С самого начала участникам похода пришлось столкнуться со значительными трудностями. Транспортные суда шли очень медленно, тормозя движение остальных кораблей. Сильный ветер, налетавший то с норд-норд-веста, то с вест-норд-веста, вообще стал сносить неповоротливые хульки на юг. К 9 июня флот все еще болтался у берегов Пиренейского полуострова. В пути выяснилось, что на борт судов взяли очень мало воды, а продовольствие оказалось плохого качества. «Мы выбросили в море большую часть сгнивших продуктов, ибо они лишь отравляли воздух и заражали солдат», — с грустью писал герцог королю. Среди участников похода распространилась дизентерия. Медина-Сидония велел идти в Ла-Корунью, но многие капитаны транспортов, до которых указанный приказ не дошел, продолжали следовать прежним курсом в сторону Ла-Манша. Их наверняка перехватили бы англичане, если бы не резкая смена погоды.
В ночь на 10 июня налетел ветер с вест-зюйд-веста, разбросавший испанские суда вдоль побережья; 11 июня ветер начал дуть с зюйд-веста. Через три дня показался мыс Финистерре, возле которого около сорока кораблей армады дрейфовали еще четыре дня, после чего герцог приказал им войти в гавань Ла-Коруньи. Но укрыться в порту удалось лишь части кораблей — остальные, угодив в очередной шторм, были унесены в открытое море. 23 июня налетела еще более жестокая буря. Многие парусники вынуждены были укрыться в гаванях северного побережья. Испанцы опасались, как бы английские корсары не пронюхали о несчастье, приключившемся с армадой, и не начали охотиться за отбившимися от основных сил судами.
27 июня герцог провел в каюте своего флагмана военный совет. На нем присутствовали Хуан Мартинес де Рекальде, командующий сухопутными частями Франсиско де Бобадилья, командиры эскадр Педро и Диего Флорес де Вальдес, Мигель де Окендо и Мартин де Бертендона, командующий галеасами Уго де Монкада, главный инспектор флота Хорхе Манрике и два капитана — Хуан де Веласко и Гаспар де Эрмосилья. Обсуждался вопрос о повреждениях на судах, нехватке провизии и целесообразности дальнейшего осуществления экспедиции. Когда об этом узнал Филипп II, он отправил адмиралу строгий приказ собрать рассеявшиеся суда, спешно отремонтировать их, пополнить поредевшие команды и запасы провизии и продолжить исполнение задуманного предприятия.
На судах английского флота дела тоже обстояли не блестяще. Катастрофически не хватало провианта; сотни матросов и солдат заболели и были списаны на берег; сменившие их новички не имели надлежащего опыта. К счастью, часть продовольственных припасов удалось раздобыть в соседних графствах, и, когда 19 июня подул благоприятный ветер, лорд-адмирал велел ставить паруса. Корабли двинулись к выходу из гавани, но тут, как назло, налетел штормовой ветер с юга, и 21 июня флот вынужден был вернуться назад.
Тем временем испанские хульки и иные суда, отбившиеся от армады, продолжали двигаться к островам Силли в составе двух эскадр. Их было примерно полтора десятка. 17 июня они прибыли на рандеву и почти неделю ожидали подхода основных сил. Здесь их заметили английские пинасы, высланные на разведку. Очевидно, если бы Хоуард имел возможность немедленно вывести свой флот в море, он без труда захватил бы упомянутые испанские суда. Однако время было упущено. Пакетбот, отправленный к островам Силли из Ла-Коруньи, доставил Хуану Гомесу де Медине приказ герцога немедленно вернуться к родным берегам. В открытом море испанцы перехватили две барки, направлявшиеся из Дублина в Бискайский залив с грузом пшеницы, кож и угля. Одну барку они потопили, а другую забрали с собой. Пленные моряки и два ирландских священника сообщили на допросе, что на английском побережье серьезно подготовились к обороне и что Дрейк, по слухам, имел 180 кораблей, разделенных на три эскадры: одна базировалась в Плимуте, а две находились к востоку от Дувра.
Между тем в Плимут пришли давно ожидаемые транспорты с провиантом, и моряки принялись перетаскивать бочки, ящики и мешки на корабли флота. Хоуард запланировал выход в море на понедельник 24 июня, но в воскресенье вечером, сидя в каюте «Арка», лорд-адмирал написал Уолсингему, что готов сняться с якоря в ближайшие три часа. Ветер дул с норд-оста, и лорд-адмирал хотел воспользоваться им, несмотря на то, что погрузка провизии на суда еще не была закончена.
В открытом море погода снова проявила свой изменчивый нрав. Ветер вдруг подул с юго-юго-запада, не позволив флоту идти в сторону островов Силли. Дрейк попытался лавировать, повернув с десятью кораблями к побережью Франции. Увы, все эти перемещения оказались напрасными — испанские суда уже успели уйти восвояси.