По люфтваффе точной статистики, характеризующей ход операции, нет. Известно, что пилоты JG 77 доложили за этот период о 119 воздушных победах, завысив свои результаты почти в три раза. Потери составили 16 «мессершмиттов» (ни один не признавался потерянным в результате бомбежек аэродромов), 7 пилотов считались убитыми или пропавшими без вести, 4 ранеными. Сюда вошли четыре аса: пропали без вести обер-фельдфебель Eugen Wintergerst (20 воздушных побед) и лейтенант Hedwig Zuzic (13 побед), получили ранения обер-лейтенанты Ernst Ваег (14 побед) и Erich Friedrich (13 побед). Стоит заметить, что на тот момент в ВВС ЧФ и 51-й армии все еще имели лишь одного аса — командира 247-го иап Федосеева. Самый результативный летчик ВВС ЧФ лейтенант Мустафа Аллахвердов имел три индивидуальные и одну групповую победу, Михаил Авдеев — две индивидуальные и две групповые.
Но как бы немцы ни преувеличивали свои воздушные победы, главное заключалось в том, что люфтваффе сыграло весьма важную, если не решающую роль в прорыве перекопских позиций. Еще в ночь на 26-е командующий 51-й армией Кузнецов докладывал в Генеральный штаб РККА: «…Бомбардировочная авиация противника нами не подавлена ввиду слабости нашей истребительной авиации. Всего 28 самолетов (Ф. И. Кузнецов «скромно» умолчал о приданной в его подчинение Фрайдорфской авиагруппе. — М. М.) Это явилось основной причиной того, что передний край 156-й сд, достаточно прочно укрепленный, в течение двух суток был прорван». Своей же авиации, несмотря на все ее старания, сухопутные генералы ставили неудовлетворительную оценку. В своих мемуарах П. И . Батов приводит текст послевоенной беседы с генералом Полуэктовым, который в 41-м занимал должность начальника артиллерии 156-й дивизии: «Как помните, ужасно нас донимала немецкая авиация, и мы раздражались, почему же нет наших истребителей. Я и сейчас не скажу почему — самолеты у нас в Крыму были. Скорее всего Владимир Александрович Судеец со своими летчиками выдохся — весьма активно бомбил район Берислав — Каховка при подходе и форсировании немцами Днепра, а к 24 сентября выдохся». — После этой фразы Полуэктова Батов заключает: — Да, ни авиация Черноморского флота, ни воздушные силы самой 51-й армии не прикрывали с воздуха воюющие на Перекопе войска и в течение сентябрьских и октябрьских боев не оказали существенного воздействия на наступающего противника».
При сопоставлении с фактами видно, что генералы правы лишь отчасти — авиация их прикрывала, но не смогла прикрыть. Главные причины поражения в воздушном сражении видятся две: во-первых, отказ адмирала Октябрьского от использования главных сил своей авиации, особенно истребителей новых типов, в боях на Перекопе. В самом деле, из таблицы № 2 видно, что в состав Фрайдорфской авиагруппы было выделено всего 8 Як-1, в то время как в ПВО Севастополя оставалось 35 новых истребителей. В течение сентября ВВС ЧФ получили 13 Як-1, 29 МиГ-3 и 8 ЛаГГ-3, из которых лишь несколько попали на фронт в составе 62-го смап. Адмирал все еще верил, что флоту не придется вести серьезных боевых действий на суше, и ко всем отвлечениям от морского направления относился как к временному явлению. Именно этим и объясняется, что для действий на севере Крыма было выделено не полнокровное соединение, а сводная группа, которая даже не имела нормального штаба и средств связи.
Во-вторых, исход многих боев определялся ошибочной тактикой. Нет, многие из советских пилотов неплохо владели техникой воздушного боя и на своих устаревших «ишачках» и «чайках» умудрялись сбивать куда более совершенные «мессершмитты». Речь о другом — о неумении управлять действиями истребителей над полем боя. Как это делалось у немцев: воздушный патруль в два яруса, управление с земли и связь между собой. Если советские самолеты появлялись где-либо над полем боя, наводчик сразу же отправлял дежурящие группы на перехват. Если советская группа оказывалась очень большой, он успевал вызвать подкрепление из Чаплинки, которая находилась всего в 25 км за линией фронта. Точно так же он мог организовывать штурмовые действия против советских контратак. Советская же сторона по части тактики ушла не дальше времен Первой мировой войны — воздушное патрулирование над ближним тылом своих войск. Если самолеты видели противника, они вступали в бой, если не видели, то не происходило ничего, даже если на соседнем участке десятки бомбардировщиков перемешивали советские войска с землей. Рассчитывать приходилось только на себя — связи не было не только с наземными частями, но даже со своим аэродромом. В этих условиях противник теоретически каждый раз мог сосредотачивать против воздушного патруля превосходящие силы и наносить ему тяжелые удары. К счастью, на самом деле так происходило далеко не всегда — у немцев просто не хватало истребителей для выполнения всех задач и организации охоты на каждый русский самолет.
Не имели особого успеха и советские удары по наземным войскам. Почему? В основном по той же самой причине — отсутствие связи со своими сухопутными войсками. Точнее, она была, но работала крайне неоперативно. Допустим, в течение дня оборону советских войск на каком-то участке обстреливала вражеская батарея. Командование дивизии обращалось в штаб армии с просьбой подавить батарею ударом с воздуха. Вечером эту заявку включали в план действий ВВС на следующий день и, поскольку в ВВС 51-й армии долгое время не было собственных штурмовиков (появившийся с 24 сентября 103-й шап немцы быстро сократили до шести машин), ночью передавали в штаб Фрайдорфской группы. К утру штаб группы разрабатывал план удара — определял, сколько от какой эскадрильи выделяется самолетов, во сколько взлет, где место встречи. Проходили сутки, и только тогда авиация выполняла заявку. Если батарея за это время успевала сменить дислокацию, то удар мог прийтись и по пустому месту, а в лучшем случае — по запасной цели. Именно по причине такой организации советские ВВС в 1941 г. практически никогда не действовали по целям на поле боя, предпочитая бомбить цели в ближнем тылу — батареи, аэродромы, обозы, подходящие резервы. Как бы ни было это важно, но главная цель — атакующие войска противника оказывались вне их сферы деятельности. Именно поэтому активные действия ВВС 51-й армии и Фрайдорфской группы даже не были замечены генералами Батовым и Полуэктовым. В противоположность этому бомбардировщики люфтваффе практически бессменно висели над полем боя, нанося удары то по укреплениям, то по артиллерийским позициям, то по контратакующим танкам. При этом следует учитывать, что по весу боевой нагрузки один Ju-87 соответствовал четырем И-15бис, а один Ju-88 или Не-111 — двум СБ или Пе-2. Так, немецкие двухмоторные бомбардировщики брали по четыре 250-кг бомбы или по шестнадцать 50-кг бомб в дополнение к одной тяжелой бомбе калибром до 1000 кг. Пе-2 брали по четыре ФАБ-100, а СБ — по шесть. Если помножить это на то обстоятельство, что «юнкерсы» сбрасывали бомбы с пологого пикирования с высоты до 800 м, а советские бомбардировщики с горизонтального полета с высоты 1800—2000 м, то получится, что люфтваффе в ходе боев на Перекопе наносило удары в десятки и даже сотни раз более эффективные, чем противостоящая сторона. Единственное, чего не удалось немцам, так это уничтожить советскую авиацию и полностью устранить ее влияние на ход боевых действий. В будущем это принесло немцам немало проблем.
Обстановка на Перекопе в начале октября продолжала оставаться сложной. Обе стороны боролись за улучшение позиций перед будущими боями. Активность люфтваффе в воздухе снизилась, в то время как активность советской авиации продолжала оставаться на уровне 200—250 самолето-вылетов в сутки с учетом того, что от 40 до 80 из них ежедневно приходились на ночное время. Постепенно в воздухе германская сторона перешла от наступления к обороне, что, впрочем, не мешало ей периодически наносить серьезные потери своему противнику.