1 октября при прикрытии своих наземных войск и сопровождении Пе-2 советская сторона зафиксировала четыре воздушных боя, в которых посчитала сбитыми три Bf-109 и один PZL-24 (самолеты этого типа действительно состояли на вооружении румынских ВВС, но в то время над Перекопом не действовали). Немцы не подтверждают этих потерь (в этот день они потеряли два истребителя в воздушных боях с самолетами ВВС 9-й армии), зато сами сбили три советских истребителя. Четвертый пропал без вести, очевидно, подбитый огнем зенитной артиллерии, а старший сержант Топонкин из 253-го иап при приземлении на аэродроме Сарабуз врезался в Пе-2, в результате чего оба самолета сгорели. Итог следующего дня сложился, наоборот, в пользу советской стороны — единственной жертвой воздушных поединков оказался фенрих Kurt Ameln из эскадрильи 5/JG 77. После этого случая воздушных боев не было до 8 октября, поскольку обе группы немецкой истребительной эскадры перебазировались на аэродромы Донбасса, где тем временем стремительно разворачивалось наступление немецкой 1–й танковой группы.
Еще 29 сентября танки генерала Клейста начали наступление во фланг 9-й советской армии из района Запорожья и 7 октября смогли окружить шесть советских дивизий севернее Мариуполя. Люфтваффе, как обычно, активно обеспечивало наступление своих войск, но для этого IV авиакорпусу временно пришлось оставить без поддержки армию Манштейна. Советский фронт в Донбассе оказался прорван, 14 октября пал Таганрог, и начались бои на дальних подступах к Ростову. Из-за ухудшения обстановки на южном крыле фронта Ставка Советского Верховного главнокомандования еще 30 сентября приняла решение об эвакуации войск Приморской армии из Одессы, которая к тому времени успешно отразила несколько штурмов румынских войск. В скором времени одесский гарнизон должен был прибыть в Крым и существенно усилить оборону на Ишуньских позициях.
Главное же внимание обеих сторон тем временем было приковано к событиям на московском направлении. Там в начале октября под Вязьмой попали в окружение четыре советские армии Западного и Резервного фронтов. После этой, одной из крупнейших в истории Второй мировой войны военной катастрофы (погибло, пропало без вести и попало в плен около миллиона солдат Красной Армии) дорога на Москву оказалась открытой. Многим и в Германии, и в России в этот момент казалось, что дни советской столицы сочтены. Не был исключением и штаб люфтваффе, который предусмотрел переброску части сил 2-го воздушного флота, действовавшего на московском направлении, в состав IV авиакорпуса, тем более что армия Манштейна спешно готовилась к новому наступлению.
Подготовка к нему весьма осложнялась как началом сезона дождей, размочившим грунтовые степные дороги, так и советской авиацией. Масштабы ее действий постепенно увеличивались. В качестве примера рассмотрим то же 2 октября. До рассвета немецкие позиции и тылы бомбили 86 МБР-2 из состава 119-го мрап и отдельных морских эскадрилий. Днем их дело продолжили пять групп бомбардировщиков, куда в общей сложности входили 24 Пе-2 и 5 СБ. Фрайдорфская авиагруппа совершила 85 самолето-вылетов на штурмовку немецких позиций. По докладам были уничтожены 13 автомашин, около роты пехоты и 8 самолетов на аэродроме Чаплинка. Еще 35 вылетов совершили самолеты ВВС 51-й армии, в большинстве 1-го иап, который, как и морские летчики, в основном специализировался на штурмовке немецких позиций. Единственной потерей стал сбитый зенитной артиллерией И-16 ст. лейтенанта Гордиенко — слишком слабое утешение для немецких наземных частей, которые давно уже отвыкли от господства вражеской авиации в воздухе. Для советских авиаторов внезапное исчезновение из воздушного пространства самолетов с желтыми носами и свастиками показалось непонятным и таинственным. 3 и 4 октября была проведена усиленная воздушная разведка аэродромов Чаплинка, Аскания-Нова и Доренбург, которая показала почти полное отсутствие на них авиации противника. В штабе ВВС успокоились только тогда, когда стало ясно, что крупная группировка люфтваффе появилась перед Южным фронтом. Этот факт, несмотря на сложность обстановки на других участках советско-германского фронта, вселял оптимизм и веру в то, что Крым удастся отстоять. Увы, этим надеждам не суждено было сбыться. Пока же удары по немецким наземным войскам продолжали усиливаться. Снова, как и две недели назад, в штаб 11–й германской армии от подчиненных частей начали поступать тревожные доклады о том, что русские самолеты не дают перемещаться войскам в светлое время и отдыхать в темное.
Отдельно хотелось бы рассказать об организации ночных налетов, которые к этому времени составляли до 40% вылетов советской авиации на перекопском направлении. Район между днепровскими переправами и Перекопом контролировал 119-й мрап. Его МБР-2 совершали в течение темного времени по 2—3 вылета на экипаж, а полк в сумме за ночь от 80 до 140 вылетов (часть из них совершалось в район Одессы, Николаева и Херсона). Каждая летающая лодка несла по четыре бомбы ФАБ-100. Целями для бомбометания служили мосты и населенные пункты вдоль дорог, в которых на ночлег могли останавливаться германские солдаты. Ближнюю зону в пределах самого Перекопского перешейка контролировали самолеты Фрайдорфской группы. В ее составе для ночных действий имелась 95-я ночная баэ (самолеты У-26), а с 1 октября — 11-й штурмовой авиаполк на самолетах И-5. На У-2 монтировалась пара пулеметов ШКАС и брались специальные бидоны для малокалиберных осколочных авиабомб, на И-5 имелось четыре пулемета ПВ-1 и два или четыре бомбодержателя для бомб калибром до 25 кг. Эти самолеты летали на малой высоте, практически не встречая никакого противодействия со стороны немцев. Очень скоро выяснилось, что благодаря этому обстоятельству можно перейти от ночных бомбардировок к ночным штурмовым ударам по конкретным целям, засеченным еще в дневное время. Организовывалось все так: с наступлением темноты (примерно с 21.00) самолеты начинали взлетать парами с интервалом 40—50 минут с расчетом, чтобы над вражескими позициями постоянно «жужжала» как минимум одна пара. Местные ориентиры (как правило, береговая линия или озера) помогали отыскивать место нахождения цели. Иногда это делали сами немцы, открывая огонь или зажигая прожектора. Пары последовательно бомбили и штурмовали позиции, а перед рассветом совершался массированный штурмовой удар силами всего 11-го шап. Всего в течение октября для ночных штурмовых действий было совершено 85 вылетов У-26 и 434 И-5. Потери составили по девять У-26 и И-5, причем в большинстве они происходили не по боевым причинам, а из-за вынужденных посадок на своей территории, в связи с потерей ориентировки. До конца крымской кампании немцы так и не придумали средств борьбы с ночными непрошеными гостями. Единственное, что они попытались производить, — это удары тройками бомбардировщиков по освещенному ночному старту. После этого рядом с основным аэродромом построили ложный ночной старт, а настоящий стали включать только непосредственно перед посадкой или взлетом самолетов. Потерь на земле ночники не имели.
Период с 3 по 8 октября являлся для советской авиации в Крыму, по сути, затишьем перед бурей. Потери составили всего семь самолетов — в основном от зенитного огня или из-за вынужденных посадок при потере ориентировки. В остальном это были спокойные вылеты на бомбометание, почти как на учениях. Именно в таком настроении вылетел на выполнение очередного задания 9 октября известный впоследствии ас ВВС Черноморского флота Михаил Авдеев: «Шестой день в воздухе над Сивашами полностью господствовала черноморская авиация. Изредка попадались небольшие группы истребителей противника, прикрывавшие свои войска от советских бомбардировщиков. В тех случаях, когда немецкие летчики не имели количественного преимущества, в воздушный бой не вступали. «Юнкерсы» и «хейнкели» появлялись над передним краем обороны лишь в отсутствие прикрытия наших войск с воздуха. Немецкие аэродромы у Чаплинки и Аскании-Новы блокировались советскими истребителями, ежедневно сбрасывали на них бомбы «петляковы», штурмовали «илы».