После пяти дней ожесточенных боев наземные войска обеих сторон истощили свои силы и могли лишь вести бои местного значения за улучшение позиций перед предстоящими сражениями. В том, что они вскоре последуют, ни у кого сомнений не возникало. Бои в воздухе не затихали, тем более что советская сторона получила новые подкрепления. К ним относились 1-й иап ВВС Крыма, сформированный из оказавшихся в Крыму летчиков ВВС РККА на самолетах старых типов (на 29 сентября 18/12 И-15бис и И-16), а также свежесформированный морской 62-й смап. Об этой части хотелось бы рассказать особо, поскольку ее судьбу повторило большинство частей советской авиации, которые летом — осенью 1941 г. получили на вооружение самолеты новых типов.
Приказ о формировании полка был отдан 6 сентября, но к его выполнению приступили только спустя девять дней. Формирование происходило на аэродроме Симоновка, на берегу Азовского моря в 12 километрах от Ейска. В качестве летного состава использовались бывшие инструктора Ейского военно-морского авиационного училища имени Сталина. С учетом этого обстоятельства на освоение новой техники им выделили всего десять дней. Ни об отработке слетанности составом звеньев или эскадрилий, ни об отработке современных тактических приемов воздушного боя речь не шла. 27 сентября полк перелетел на аэродром Кача, а на следующий день на аэродром Тотман, где он вошел в состав Фрайдорфской группы. К этому моменту в нем числилось 12 МиГ-3 (управление и 1-я эскадрилья), 10 ЛаГГ-3 (2-я эскадрилья) и 9 Пе-2 (3-я эскадрилья). Считалось, что включение в состав части и бомбардировщиков, и истребителей позволит облегчить взаимодействие самолетов разных родов авиации при организации воздушных ударов, но именно это никогда не отрабатывалось в период весьма кратковременной подготовки. Практический результат оказался прямо противоположен тому, чего ожидало командование. При первом же вылете 29 сентября (в нем участвовало по 6 самолетов каждого типа) зенитки сбили Пе-2 командира 3-й эскадрильи майора Пузанова, а «миг» летчика Воронова пропал без вести. Вечером при втором групповом вылете истребителям пришлось вступить в бой с «мессершмиттами». За один якобы сбитый Bf-109 пришлось заплатить двумя пропавшими без вести ЛаГГ-3 и еще одним, севшим из-за повреждений на своей территории. И для других советских частей этот день сложился не слишком удачно. В боях были сбиты или пропали без вести И-15бис, И-153 и КОР-1 (корабельный гидросамолет-разведчик, поставленный на колесное шасси; три таких самолета утром 29 сентября были выделены в состав 3-й эскадрильи 8-го иап). Один Пе-2 и один СБ подбитыми сели на своей территории, причем последний оказался воздушной победой… старшего лейтенанта Авдеева из 5-й эскадрильи 32-го иап. Дело в том, что стрелок-радист бомбардировщика обстрелял «як» Авдеева, приняв его за «мессершмитт», а будущий черноморский Герой Советского Союза не успокоился, пока не посадил поврежденного «обидчика» на землю. Кроме того, погиб почти со всем экипажем один Пе-2 40-го бап, упавший при взлете и взорвавшийся на своих бомбах. Немецкая сторона потерь в истребителях не понесла.
Несмотря на вышеописанные потери, благодаря подкреплениям активность советской авиации не снижалась. 4-й авиакорпус люфтваффе не мог ответить тем же. Как ни малы были его потери по сравнению с русскими, каждая из них оказывалась намного болезненней. Новые самолеты, особенно бомбардировщики, поступали нечасто, а заменить подготовленного аса было вообще невозможно. Кроме того, 30 сентября OKW приступило к осуществлению плана «Тайфун» — генеральному наступлению на Москву. Эскадра StG 77, столь эффективно действовавшая на Перекопе, была изъята из состава IV и передана во II авиакорпус, поддерживавший наступление 2-й танковой группы Гудериана и 4-й танковой группы Гота. В люфтваффе умели быстро сосредотачивать силы для сокрушительных ударов, но редко могли позволить себе длительное время держать их на одном участке. В результате количество самолето-вылетов немецких ударных самолетов над Перекопом резко уменьшилось, и немцы в воздухе вновь перешли из разряда нападающих в разряд обороняющихся. Впрочем, оборонялись они весьма умело.
30 сентября советская авиация произвела в направлении немецких позиций около 200 самолето-вылетов, причем 87 приходится на ВВС 51-й армии и 66 на Фрайдорфскую авиагруппу. Кроме того, немецкие позиции бомбили 18 Пе-2 и 12 СБ. Из их воздушного эскорта на аэродромы не вернулись «лагг» летчика Яблицына и «миг» Бабаева, сбитые, по всей вероятности, зенитной артиллерией. При схожих обстоятельствах пропал без вести И-16 летчика Засотина из 1-го иап, а подбитый «ишачок» Загорьяна приземлился на своей территории. Произошло три крупных воздушных боя, сложившихся явно неблагоприятно для краснозвездных авиаторов. В первом воздушный эскорт семи Пе-2 доложил о сбитии двух «мессершмиттов». Во втором ударная группа Фрайдорфской авиагруппы (пять И-153, три И-15бис, восемь И-16) вступила в бой с шестью Bf-109 и потеряла из своего состава И-15бис летчика Хватова. И-16 пилотов Хомутова и Герасимова столкнулись в воздухе и развалились, но летчикам удалось спастись на парашютах. Но самый неудачный исход имел налет на аэродром Аскания-Нова, произведенный силами 62-го смап. Для выполнения задачи вылетели шесть Пе-2, три ЛаГГ-3, пять МиГ-3 и 12 И-16. Они успешно достигли цели и по результатам удара зачислили на свой боевой счет пять поврежденных «мессершмиттов». Прокомментировать эту заявку весьма трудно, поскольку, по современным немецким данным, их авиация здесь вообще не базировалась, но, по показаниям пленных пилотов JG 77, здесь базировалась целая группа истребителей в количестве не менее 30 машин. При отходе от аэродрома начались воздушные бои. Погибли два Пе-2 вместе с экипажами, пропал без вести «лагг» Коротчева и «миг» Петрова. Немцы якобы потеряли еще три «мессершмитта». По современным данным, признается только гибель Bf-109 унтер-офицера Julius Dite (по советским данным, он в плену с 20 сентября) и катастрофа Bf-109 Е-7 из 1 (J)/LG 2 унтер-офицера Karl Ferenz, который упал по неизвестной причине вместе с пилотом. Немецкое донесение об 11 сбитых в этот день советских самолетах так же далеко от истины, как и советское о пяти.
В тот же день отдельным приказом по армии Ф. И. Кузнецов подвел итоги действий авиации в последнюю декаду месяца. В целом он оценивал их положительно. Вместе с ВВС ЧФ авиаполки 51-й армии произвели 2127 самолето-вылетов и сбросили на противника 11 849 бомб общим весом 389 тонн. Уничтоженными считались 94 вражеских самолета (70 в воздушных боях и 24 на аэродромах), 19 танков, 6 батарей (25 орудий), 231 автомашина и большое количество солдат и офицеров противника. Свои потери признавались в 37 самолетов. Данная цифра выглядит явно заниженной, поскольку только ВВС ЧФ потеряли за этот период над Перекопом 32 боевых самолета. Из-за отсутствия части необходимых документов точную цифру назвать затруднительно, но она составила никак не меньше 50 машин. К числу недостатков генерал причислил низкую напряженность действий ВВС — в среднем по 5 вылетов на самолет за 10 дней — и малый калибр применяемых авиабомб — в подавляющем большинстве применялись бомбы калибром 25 и 50 кг. Большая часть более крупных авиабомб весом 100 и 250 кг применялась с самолетов МБР-2 и ДБ-3 ночью, в результате чего получалось, что не менее 60% боевой нагрузки сбрасывалось в темное время суток, то есть с гораздо меньшим эффектом.