М.Ю. Крысин процитировал в своей книге и содержание листовки Литовского информационного бюро в Берлине от 19 марта 1941 года; в которой население Литвы призывалось к подготовке вооруженного восстания против Советской власти. Восстание предполагалось приурочить к моменту нападения Германии на СССР «…Час освобождения Литвы близок, — говорилось в этой листовке. — Когда начнется поход с Запада, вы в этот же момент будете информированы… В это время в городах, местечках и деревнях порабощенной Литвы должны возникнуть местные восстания, точнее говоря, взятие власти в свои руки. Сразу надо арестовать местных коммунистов и других предателей Литвы, чтобы они не избежали расплаты за свои действия (предатели будут помилованы, когда они сумеют доказать, что они ликвидировали хотя бы по одному еврею)… Там, где вы еще не подготовлены, организуйтесь маленькими тайными группами. Когда начнутся военные действия, в тылу будут выброшены парашютисты. Немедленно установите с ними связь и помогайте им… Через деревни и города будет маршировать немецкая армия. В ее рядах будет много знакомых вам соплеменников. Встречайте всех одинаково мило и сердечно, оказывайте им нужную помощь… Уже сейчас «информируйте» евреев, что их судьба ясна, поэтому пусть сегодня же убираются из Литвы. В решительный момент берите их имущество в свои руки, чтобы ничего не пропало».
Как сообщалось в «Истории Литовской ССР», «весной 1941 года органы государственной безопасности раскрыли несколько гнезд гитлеровских шпионов и диверсантов, в том числе в частях 29-го (литовского) территориального стрелкового корпуса Красной Армии. За несколько дней до начала войны была обезврежена группа офицеров, поддерживавшая связь с Вильнюсским центром ФЛА». Как отмечал М. Ю. Крысин, «всего до мая 1941 года органами НКВД на территории Литвы было обезврежено 75 агентурных групп абвера и СД».
Аналогичные события происходили и в других прибалтийских республиках. М.Ю. Крысин сообщает о подпольной группировке «Тевияс саргс» («Стражи отечества»), созданной в Латвии осенью 1940 года под руководством студента Клавиньша при участии военных и бывших айзеаргов. Организация занималась сбором разведданных о Красной Армии для немецких спецслужб, сбором оружия, подготовкой восстания.
В мае 1941 года была создана подпольная организация «Латвияс саргс» («Стражи Латвии»), члены которой со второй половины 1940 года «устраивали террористические акты против советского актива, поджоги, налеты на кооперативы и сельсоветы, убивали руководителей и сочувствующих Советской власти, учителей, комсомольцев и членов ВКП(б), похищали имущество, угоняли скот, проводили диверсии, выпускали листовки с призывами к борьбе с советским строем, распространяли анонимные письма террористически-повстанческого содержания».
М.Ю. Крысин упоминает также группировку «Военная организация освобождения Латвии» («Кола»), сотрудничавшую с германской разведкой и имевшую несколько бригад в Даугавпилсе, Тукумсе, Добеле, Елгаве и Салдусе. Перечислены им также группировки «Латышский национальный легион» и «Латвийское народное объединение» («ЛНО»).
М.Ю. Крысин указывает, что еще в марте 1941 года в Риге советскими органами госбезопасности была вскрыта и ликвидирована резидентура германской разведки в Латвии и связанная с ней антисоветская организация «Тевияс саргс».
Леонид Барков в своей книге «В дебрях абвера» писал: «В 1940 году и первом квартале 1941 года советские органы государственной безопасности нанесли ряд чувствительных ударов по осевшей в Эстонии немецко-фашистской агентуре… Чекисты в этот период ликвидировали также многие подпольные антисоветские группы: «Легионерское движение Востока», «Комитет спасения», «Эстонская военно-разведывательная организация» и другие. И все же, несмотря на принятые меры, нашим органам государственной безопасности не удалось в полной мере очистить Советскую Эстонию от немецко-фашистских шпионов и диверсантов. Большая часть фашистской агентуры продолжала наносить ощутимые удары».
Огрехи работы контрразведки были вызваны во многом тем, что работники НКВД, командированные из Центра или спешно набранные из местного населения, плохо владели обстановкой. Р. Мисиунас и Р. Таагепера имели основание писать о том, что «скорее всего чиновники НКВД выполняли свою работу наугад… Главный порок НКВД… состоял в подготовке списков на основе плохой и не обязательно аккуратной системы разведки».
Объясняя меры, принятые советскими властями для обезвреживания антисоветского подполья, авторы «Истории Литовской ССР» писали: «Активизация контрреволюции потребовала от правительства Литовской ССР принятия самых решительных мер. За несколько дней до вероломного нападения гитлеровской Германии на СССР часть контрреволюционных элементов была выслана за пределы Литвы, что ослабило, но не ликвидировало их полностью. Некоторые ярые контрреволюционеры успели укрыться и продолжали свою подрывную деятельность. Переселение классово чуждых элементов ввиду непосредственной угрозы войны было проведено спешно. Поэтому в число высланных попали и люди, чье поведение не требовало применения к ним такой меры».
Аресты и депортации начались в ночь с 13 на 14 июня 1941 года. Р. Мисиунас и Р. Таагепера утверждали, что в ходе депортации из Эстонии было выслано 60 тысяч человек, из Латвии — 35 тысяч, из Литвы — 34 тысячи. Историки писали: «Членов семей разлучали. В то время как мужчин, которых считали арестованными, направляли в трудовые лагеря… женщин и детей просто ссылали… Депортации… усилили ненависть к режиму со стороны тех, кто в противном случае остался бы нейтральным».
М.Ю. Крысин в своей книге выразил скептицизм в отношении сведений, ныне публикуемых на Западе и в Прибалтике, о количестве депортированных или репрессированных иным образом в 1940–1941 годах в Эстонии, Латвии и Литве и назвал их «взятыми с потолка». Он обращает внимание на сочинение «группы аналитиков из Библиотеки Конгресса США» 1996 года, в котором говорится о том, что только из Литвы было депортировано в июне 1941 года более 30 тысяч человек, из Латвии — 35 тысяч человек. Крысин замечает, что только в отношении Эстонии приводится цифра репрессированных, примерно соответствующая действительности. Крысин ссылается на западного историка Зеппо Миллиниеми, который указывал, что число вывезенных из Эстонии в июне 1941 года составляло 60 973 человека, из них лишь около 11 тысяч были действительно депортированы. Остальные — это эвакуированные в СССР государственные, партийные, хозяйственные чиновники, специалисты, инженеры, их семьи, а также те, кто был призван на службу в рядах Красной Армии. Крысин подчеркивал: «По данным НКВД СССР, в Эстонии было арестовано 3178 и выселено 5978 человек, итого было репрессировано в общей сложности 9156 человек… В Литве в 1941 году было арестовано 5664 человека, выселено 10 187 человек, а всего репрессировано 154 851 человек».
«Примерно так же, — замечал М.Ю. Крысин, — создавалась фальсификация и в отношении репрессий в Латвии». Упоминая заявление немецких оккупационных властей, впервые пустивших в оборот утверждение о ссылке, арестах и убийствах 33 038 латышей в 1940–1941 годах, Крысин указывает, что «приведенная цифра завышена в три раза… Помимо арестованных и депортированных, из прифронтовой зоны, включавшей Латвию, а также некоторые районы Литвы и Эстонии, в июне 1941 года было эвакуировано 53 тысячи человек, в числе которых были и многие будущие военнослужащие 130-го латышского стрелкового корпуса, сражавшиеся впоследствии против гитлеровцев и их пособников за освобождение своей страны».