Вскоре после подавления восстания, 15 августа 1918 года, М.В. Фрунзе назначается военным комиссаром Ярославского военного округа. По сегодняшним меркам — должность командующего войсками военного округа. Военным руководителем этого округа стал бывший генерал Ф.Ф. Новицкий.
Ярославский военный округ по своему стратегическому положению занимал видное место в обороне Советской Республики. В него входило восемь центральных губерний страны (Ярославская, Костромская, Владимирская, Тверская, Иваново-Вознесенская, Вологодская, Архангельская и Северодвинская). Военный комиссар округа подчинялся непосредственно Народному комиссариату по военным делам и являлся крупнейшей военно-административной единицей в военной структуре Советского государства.
В связи с развертыванием боев на Восточном фронте важнейшей задачей Ярославского окружного комиссариата по военным делам стало формирование новых соединений Красной армии, предназначенных для усиления этого фронта.
Решая эту задачу, в сентябре М.В. Фрунзе отдает приказ о формировании пяти дивизий в период с 15 октября по 15 ноября 1918 года. Командный состав этих соединений планировалось укомплектовать «инструкторами, окончившими инструкторские курсы», а также «бывшими офицерами и военными чиновниками, с проведением их через соответствующие аттестационные комиссии». При этом были предусмотрены жестокие репрессивные меры для уклоняющихся от призыва бывших офицеров и членов их семей.
Как свидетельствуют сохранившиеся архивные документы, работа по формированию соединений в целом проходила успешно.
Безусловно, М.В. Фрунзе работал не один. Рядом всегда были специалистами, преимущественно из «бывших». Михаил Васильевич никогда не отказывался от их помощи и совета. Позже все достижения припишут ему одному. К сожалению, сегодня трудно назвать всех, кто работал вместе с М.В. Фрунзе в штабе Ярославского военного округа осенью 1918 года, но известно, что их было много. История сохранила имя одного — Федора Федоровича Новицкого, который в последующем стал одним из ближайших помощников Михаила Васильевича на протяжении первых лет его военной карьеры.
В то время вопросы, связанные с организацией и повышением боевой мощи Красной армии, постоянно рассматривались на самом высоком уровне и нередко ставились весьма остро. Многие лидеры большевиков ратовали за развитие Красной армии на демократических принципах. Военные специалисты доказывали В.И. Ленину необходимость сосредоточения всей военной власти в одних руках. Так, 20 августа 1918 года председатель Высшей аттестационной комиссии Наркомата по военным делам А.И. Егорьев докладывал: «Опытом тысячелетий доказана необходимость и возможность единоличного управления делом войны… Руководить операциями может лишь одна единая воля». Сторонником единоначалия и жесткой воинской дисциплины выступал Л.Д. Троцкий.
В.И. Ленин некоторое время колебался, не решаясь отдать пальму первенства ни одной из сторон. Но обстоятельства и тревожные сводки, поступавшие с фронтов, сделали свое дело.
В середине дня 30 августа 1918 года в Москве произошло покушение на В.И. Ленина после выступления перед рабочими завода Михельсона в Замоскворечье. Была арестована стрелявшая в вождя эсерка Фанни Каплан. Через несколько часов после выстрелов председатель ВЦИК Я.М. Свердлов выступил по радио с обращением, в котором заявил: «На покушения, направленные против его вождей, рабочий класс ответит… беспощадным массовым террором против всех врагов революции». Этот террор был начат в разных местах России и истинные его размеры до сих пор неизвестны. Ясно только, что погибли тысячи невинных людей.
Расследование и суд были очень скорыми. Уже 3 сентября 1918 года террористка Фанни Каплан была расстреляна в Кремле. Позже непонятно откуда родились слухи о том, что В.И. Ленин лично настоял на том, чтобы Каплан не была расстреляна. Находились даже люди, которые рассказывали, что встречали ее в лагерях то в Соловках, то в Воркуте. Эти сказки были порождены стремлением представить В.И. Ленина добряком, прощавшим зло даже врагам. Безусловно, это не соответствовало действительности. Шла ожесточенная борьба за власть, в которой пощаде не было места, а Ленин был не тем человеком, которому было присуще чувство христианского милосердия.
Через два дня после расстрела Фанни Каплан было принято постановление Совета народных комиссаров о красном терроре. В нем говорилось, что «Совет Народных Комиссаров, заслушав доклад председателя Чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией о деятельности этой комиссии, находит, что при данной ситуации обеспечение тыла путем террора является прямой необходимостью… что необходимо обеспечить Советскую Республику от классовых врагов путем изоляции их… что подлежат расстрелу все лица, прикосновенные к белогвардейским организациям, заговорам и мятежам…» Постановление подписали народный комиссар юстиции Курский, народный комиссар внутренних дел Петровский и секретарь Фотиева.
Через три дня после покушения на В.И. Ленина, 2 сентября 1918 года, вся Советская Республика была объявлена военным лагерем. Все фронты и все военные учреждения Республики подчинялись Революционному военному совету (РВС) во главе с главнокомандующим, которым являлся народный комиссар по военным и морским делам.
Тогда же был издан приказ об образовании фронтов. Были образованы: Северный фронт (командующий Дмитрий Павлович Парский), штаб которого размещался в Ярославле; Восточный фронт (командующий Владимир Николаевич Егорьев), штаб которого размещался в Арзамасе; Южный фронт (командующий Павел Павлович Сытин), штаб которого размещался в городе Козлове, и Западный район обороны (командующий Андрей Евгеньевич Снесарев), штаб которого размещался в Москве.
В конце сентября 1918 года ЦК РСДРП(б) было разослано циркулярное письмо ко всем членам партии, в котором они ставились в известность о неудачах на Восточном и Южном фронтах. Одной из главных причин этого было отсутствие должной воинской дисциплины и порядка. В этом письме, подписанном Л.Д. Троцким, в частности, указывалось: «Нужно железной рукой заставить командный состав, высший и низший, выполнять боевые приказы ценой каких угодно средств. Не нужно останавливаться ни перед какими жертвами для достижения тех высоких задач, которые сейчас возложены на Красную армию… Красный террор сейчас обязательнее, чем где бы то ни было и когда бы то ни было…»
Последовали новые кадровые перестановки. И.И. Вацетиса на посту командующего войсками Восточного фронта сменил С.С. Каменев. Войска получили большие людские пополнения, оружие, боеприпасы, продовольствие.
После проведенных организационных мероприятий советские войска на Восточном фронте перешли в наступление. Были освобождены Казань, Симбирск, Хвалынск, Сызрань, Самара, Ижевск, Воткинск, Уфа, Оренбург. Ярославль постепенно из фронтового превращался в тыловой город.
В целом военно-административная деятельность М.В. Фрунзе на посту военного комиссара Ярославского военного округа советскими историками оценивается положительно. В самое трудное для страны время, после коренной ломки старой власти, он смог наладить работу новой власти на местах, начал организацию ведущих ее институтов и направлений деятельности. Все это, безусловно, положительно сказалось на общем устройстве страны.