Не на высоте оказалось и командование 3-й армии. Командующий армией Лашевич в дни напряженных боев на фронте устраивал вместе с работниками штаба пьяные оргии. В попойках принимали участие лица, связанные с белогвардейцами. Штаб армии был оторван от дивизий и не всегда знал положение на фронте.
Ссылаясь на отсутствие оружия, он не посылал на фронт даже те небольшие пополнения, которые прибывали. Между тем под Пермью, на станции Левшино, на барже за день до прихода неприятеля было случайно обнаружено 200 ящиков винтовок. Все они достались неприятелю.
В обстановке общего отхода войск командование 3-й армии предприняло попытку организовать оборону Перми, но она не увенчалась успехом. В начале января 1919 года 3-я армия оставила Пермь и отступила за Каму.
Обстановка на Восточном фронте встревожила большевистское правительство. В последних числах декабря 1918 года Центральный комитет партии и Совет Обороны, обсудив положение 3-й армии, назначили комиссию для расследования причин сдачи Перми и оказания помощи советским органам на левом крыле Восточного фронта. В нее вошли И.В. Сталин и Ф.Э. Дзержинский. 5 января 1919 года комиссия ЦК партии и Совета Обороны прибыла в Вятку. После этого положение там начало улучшаться.
Но в это время большие проблемы возникли на правом фланге Восточного фронта в полосе 4-й армии, войска которой через степи по глубокому снегу двигались на Уральск. Под угрозой советской оккупации оказались исконно казачьи области.
Почувствовав серьезную угрозу городу, белоказаки забили тревогу и призвали в армию все мужское население, способное носить оружие. В срочном порядке из каждой казачьей станицы был сформирован конный отряд добровольцев, станичники взяли на себя заботу о пропитании казаков, пополнении отрядов людьми и лошадьми. Защита казачьих земель была объявлена богоугодным делом.
Но это не помогло. Глубокий снег лишил казаков их основного преимущества — действий в конном строю. Их отряды утратили возможность быстро передвигаться, охватывать фланги, заходить в тыл и наносить неожиданные удары, как это они делали раньше. Теперь казакам приходилось драться в пешем строю. Местами они оказывали упорное сопротивление, но вынуждены были отступать.
Чтобы замедлить движение советских войск и разложить малоустойчивые части Красной армии, белоказаки стали посылать к красноармейцам парламентеров для переговоров о прекращении борьбы.
Белогвардейские агитаторы добились определенного успеха. 10 января 1919 года в полках 3-й бригады 4-й армии начались беспорядки. Вожаки арестовали комиссаров, часть командиров и наиболее активных коммунистов, а также прибывших в расположение бригады члена Реввоенсовета и работников Политотдела армии. Все они были взяты заложниками. Переговоры с мятежниками не увенчались успехом. 20 января мятежники расстреляли из пулеметов с бронепоезда члена Реввоенсовета 4-й армии большевика Г.Д. Линдова и комиссаров П.В. Майорова и В.П. Мяги. Наряду с мятежом 3-й бригады произошли беспорядки в соседней 2-й бригаде этой же дивизии.
Командование 4-й армии всеми силами постаралось блокировать мятежные части, не прекращая общее наступление на Уральск. В начале 20-х чисел января части 22-й дивизии этой армии подошли к Уральску, а рано утром 24 января 1919 года город был взят штурмом.
С лета 1918 года 4-й армией Восточного фронта командовал Александр Алексеевич Балтийский. Это был кадровый морской офицер бывшей императорской армии в возрасте 48 лет, имевший за плечами учебу в Академии Генерального штаба и Морской академии, боевой опыт Первой мировой войны, которую он закончил генерал-майором. Оказавшись в мятежном Петрограде осенью 1917 года в должности помощника начальника Генерального штаба, он сразу же начал сотрудничать с новой властью, войдя в состав Высшей военной инспекции.
Назначение А.А. Балтийского на должность командующего 4-й армией в Москве многим не понравилось. Одни упрекали его генеральским прошлым, другие прямо обвиняли в связях с контрреволюционными организациями. Возникли у Александра Алексеевича разногласия и с командующим Восточным фронтом. Все это в комплексе привело к тому, что был поставлен вопрос о его замене.
В военные поступать не советую, испортишь всю жизнь. У меня прямо сердце сжалось, когда я в бытность в Москве увидел наших земляков, поступивших в военные училища. Боже, что из них делает военщина: ничего не знают, ничего не слышат…
Из письма М.В. Фрунзе брату Константину от 10 февраля 1905 года
В последний день января 1919 года в Самару прибыл новым командующим 4-й армией Восточного фронта М.В. Фрунзе. На перроне городского вокзала его встречало всего несколько человек, среди которых был и А. А. Балтийский. Михаил Васильевич сразу же узнал его по мрачному официальному выражению лица и безукоризненной выправке. Он подошел теперь уже к бывшему командующему и вручил ему мандат о назначении его помощником командующего 4-й армией. А.А. Балтийский прочитал мандат и молча отдал честь.
— Я очень рассчитываю, Александр Алексеевич, на вашу помощь в деле, которое мало известно.
— Если советы отставленного командующего вам будут полезны, я сделаю все, что в моих силах, — натянуто улыбнулся Балтийский в усы и, сложив мандат вчетверо, положил его во внутренний карман шинели.
Назначение самого М.В. Фрунзе на должность командующего 4-й армией Восточного фронта состоялось еще в конце декабря 1918 года и прошло в атмосфере того времени. В архиве сохранились воспоминания Ф.Ф. Новицкого по этому поводу. В них, в частности, он пишет:
«Собираясь работать на боевом фронте, М.В. Фрунзе мечтал получить, как он говорил, "полчишко", преимущественно конный, учитывая свою любовь к верховой езде. Я же убеждал Михаила Васильевича не скромничать, а добиваться получения армии. Такая перспектива только смешила М.В. Фрунзе, так как он не мог представить себя в роли командарма, не имея для этого никакой предварительной подготовки и боевой практики. Я же был совершенно другого мнения…
В Москве мы заявили о своем желании начальнику Главного штаба, который доложил нашу просьбу РВСР, куда на следующий мы оба были вызваны. Первым был принят М.В. Фрунзе, который после своих переговоров, выйдя в приемную, успел мне сказать только одну фразу: "Отказывайтесь от Южного фронта". Я не успел уточнить, что значит эта фраза, так как в свою очередь был приглашен в кабинет.
Не расспрашивая ни о каких моих пожеланиях, мне было в категорической форме указано, что я назначаюсь начальником штаба Южного фронта, а та, как М.В. Фрунзе просит не разлучать его со мной, то он назначен туда же членом РВС фронта.
Не считая возможным лично за себя отказываться от данного мне назначения, я, тем не менее, самым решительным образом опротестовал назначение М.В. Фрунзе и стал горячо доказывать необходимость назначения его на крупную руководящую роль, одновременно прося назначить меня при нем на любую должность. Со мной долго не соглашались, ссылаясь на то, что М.В. Фрунзе — штатский человек. Но в конце концов мне было заявлено, что наши уже намеченные назначения будут пересмотрены, и что ответ нам будет дан на следующий день.