Два других корабля управления — «Даурия» и «Тамань» (пр. 596П) сохранились неплохо, но «Тамань» 7 февраля 1996 г. была передана Украине и переименована в «Ивано-Франковск» (бортовой номер U704). А «Даурия» 29 декабря 2004 г. был исключен из списков флота.
Поисковый корабль «Стрелок» (пр. 266.6) использовался для связи с глубоководными аппаратами и остался без работы. В 1997 г. корабль был поставлен в отстой в Севастополе, а в 2002 г. списан, разоружен и разобран на металл в Севастополе.
Расформированию подверглась 36-я бригада поисково-спасательных кораблей из пяти единиц проекта 536П. Ушел на Балтику в 1991 г. ПСК «Ямал». В феврале 1996 г. ПСК «Баскунчак» передали Украине и переименовали в «Черновцы». 30 июня 1990 г. исключен из состава флота «Донбасс», а затем продан. Лишь «Апшерон» и «Севан» еще оставались в строю.
15 сентября 1997 г. после окончания ремонта в Варне «Апшерон» был включен в состав 37-й бригады аварийно-спасательных судов. 1 мая 1998 г. корабль был переведен в класс морские поисково-спасательные суда, подкласс спасательные суда. 1 августа 2001 г. вошел в состав сформированного 255-го дивизиона 37-й бригады аварийно-спасательных судов. Корабль был списан в мае 2009 г., находился на отстое в Севастополе, Угольный причал. В июне 2009 г. был продан на слом украинской фирме, в октябре 2009 г. передан новому владельцу и отбуксирован в район Севастопольской ГРЭС на отстой. 31 декабря 2009 г. ПСК «Апшерон» был отбуксирован в порт Бургас (Болгария) на слом.
28 февраля 1996 г. поисково-спасательный корабль «Севан» был передан из расформированной 3-й бригады ПСК в состав 37-й бригады аварийно-спасательных судов ЧФ. 6 июля 1997 г. корабль передан из состава 162-го дивизиона 37-й бригады аварийно-спасательных судов ЧФ в состав 54-й бригады спасательных судов Балтийского флота, куда он прибыл 23 июня 1997 г. Летом 2002 г. корабль был исключен из состава Балтийского флота и продан на металлолом.
Восемь катеров различных типов частью проданы коммерсантам, а частью сданы на слом.
При расформировании двух высших военно-морских училищ и 11 -го учебного отряда флот потерял пять рейдовых катеров. Ликвидация 810-го отдельного полка морской пехоты, отдельного отряда КГБ и постов рейдовой службы привела к исключению еще шести различных катеров.
При расформировании 139-го учебного центра Краснознаменного Черноморского флота, 146-го авиационного полигона под Евпаторией и 735-го авиатехнического батальона флот не досчитался еще одиннадцати единиц. В это число вошли: два торпедолова ТЛ-26 и ТЛ-153 (пр. 368), УТС-379 и ВМ-14, два плавпричала и два катера-заправщика различных типов.
Разведывательные суда ЧФ играли важную роль в обеспечении безопасности СССР, а позже — Российской Федерации.
После «шестидневной» войны 1967 г. численность разведывательных кораблей (РК) Черноморского флота увеличилась. 13 февраля 1971 г. на базе отдельного дивизиона кораблей была сформирована 112-я бригада разведывательных кораблей. В ее состав вошло 12 кораблей: большой РК «Запорожье» (корабль 1-го ранга); средний РК «Харитон Лаптев» (корабль 2-го ранга); малые РК «Веха», «Теодолит», «Кренометр», «Лотлинь», «Траверз», «Барометр», «Архипелаг», «Пелорус», «Находка», «Селигер» (корабли 3-го ранга); «ПМ-13», «ПСКЛ-3» и «БСС-79850».
В 1979 г. РК получили помимо имен собственных бортовые номера. Так, к примеру, «Приазовье» стал ССВ-201 и т.д.
Основной задачей РК Черноморского флота было слежение за авианосными соединениями США и ПЛАРБ в Средиземном море. Наши РК непрерывно находились у берегов Израиля и вели радиотехническую разведку. Так, РК «Крым» и «Кавказ» ловили любое электронное излучение на территории этой страны и прослушивали все телефонные переговоры.
Ни один американский корабль не входил незамеченным в Средиземное море. Так, новый авианосец «Нимитц» с ядерной силовой установкой отправился в Средиземное море в июле 1976 г., и уже у Гибралтара его встретил средний РК «Юпитер». Позже «Юпитер» осуществлял поиск и слежение за атомными подводными лодками США в районе базы ПЛАРБ в Роте (Испания).
В 1987 г. «Юпитер» отслеживал агрессивные действия 6-го американского флота против Ливии в заливе Синдра.
К осени 1991 г. деятельность РК резко уменьшилась. К 1990 г. в составе Черноморского флота имелось 17 РК, а за последующие семь лет потерял треть корабельного состава. Списаны на слом средние разведывательные корабли «Бакан», «Вал», «Вертикаль», «Лоцман» (пр. 393). Ушел на Тихий океан ССВ-328 («Юг»). В 1997 г. перешел на Север ССВ-704 («Мангышлак»). В феврале 1996 г. переданы Украине «Юпитер» и ГС-13, переименованные в «Симферополь» и «Переяславль» соответственно. В апреле 2014 г. «Юпитер» находился в стадии разборки.
В 1996 г. не вернулся из Средиземного моря и был переведен на Север ССВ-175 («Одограф»). ССВ «Рида» продан коммерсантам в Одессу.
1 мая 1998 г. 112-я бригада реорганизована в 519-й отдельный дивизион кораблей Черноморского флота.
Два крупных «разведчика» — большие разведывательные корабли ССВ-591 («Кавказ») и ССВ-590 («Крым») проекта 394 — уже изрядно износились и вскоре были списаны на металлолом. «Кавказ» был исключен из состава флота 9 октября 1997 г., а «Крым» — 21 февраля 1997 г., в 2000 г. уведен и разобран на металл в Камышовой бухте Севастополя.
После ликвидации Крымской ВМБ в Донузлаве лишились постоянного места базирования средние разведывательные корабли «Кильдин», «Лиман», «Океан», «Экватор» (пр. 861) и малые разведывательные корабли «Курс», «Ладога», ГС-239 (пр. 502). Часть из них была переведена в Туапсе, а часть продана на слом.
«Океан» исключен из списков флота 22 января 2001 г. с последующей разделкой на металл. «Курс» исключен из состава флота 24 августа 1993 г. Затем продан частной компании на Украине и переоборудован с новым названием «Аляска», с 1996 г. — «Мальта». С 2003 г. корабль принадлежал ЧП «Лартис» и имел название «Лартис», осуществляя коммерческие рейсы на линии Евпатория — Стамбул — Евпатория. МРЗК «Ладога» был исключен из состава флота 24 августа 1993 г.
Ну а в 2004 г. последние четыре РК Черноморского флота — «Приазовье», «Кильдин», «Лиман» и «Экватор» — сведены в 112-й дивизион разведывательных кораблей, базирующийся в Севастополе.
Большей частью корабли дивизиона стоят у причала и лишь эпизодически выходят в море. Так, в ходе натовской агрессии против Югославии 2 апреля 1999 г. в Адриатическое море направился РК «Лиман». Позже его сменил там «Кильдин». 14 марта 2011 г. к берегам Ливии ушел РК «Приазовье».
ССВ «Рида» продали коммерсантам в Одессу.
Перед распадом СССР Черноморский флот располагал великолепной базой для гидрографических и океанографических исследований Мирового океана и имел большое число самых современных судов и катеров.
Крупнейшим в составе Гидрографической службы Черноморского флота являлся 176-й отдельный дивизион океанографических исследовательских судов, базировавшийся на Севастополь. С 1990 по 1997 г. он потерял половину своего состава. Крупное судно «Адмирал Владимирский» в 1990 г. убыло на ремонт в Польшу и оттуда перешло в Кронштадт. Два очень удачных судна — «Василий Головнин» и «Фаддей Беллинсгаузен» — проданы татарской фирме «Акар» для челночных рейсов в Турцию. Суда имели ледовые корпуса и могли использоваться как транспорты оружия и боеприпасов, что, учитывая слабость пограничных сил Украины, вполне реально. Гидрографическое судно «Ай-Тодор» из-за небольшой осадки являлось прекрасным снабженцем для отдаленных постов маячной службы, но продано в Одессу коммерсантам.