В наличии же остались лишь суда «Гидролог», «Донузлав» (пр. 862 М), «Березань» и «Челекен» (пр. 861).
Почти не пострадало другое крупное соединение — 422-й дивизион гидрографических судов в составе: ГИСУ «Створ» (пр. 862), ГС-78 (пр. 870), ГС-273 (пр. 871) и ГС-402 (пр. 872). К дивизиону также приписаны четыре больших гидрографических катера: БГК-100, БГК-231, БГК-635, БГК-713 (пр. 1896) и пять малых катеров: МГК-592, МГК-705, МГК-485, МГК-676, МГК-706, часть из которых продали коммерсантам в качестве прогулочных катеров.
Под юрисдикцию Украины полностью перешел так называемый 46-й район ГС, базировавшийся на Одессу. Но и украинское командование не удержалось от соблазна «зашибить деньгу». Крупное и еще новое гидрографическое судно ГС-401 (пр. 872) было продано частной фирме «Гесс» в Севастополе. Судно переоборудовали для челночных рейсов в Турцию. В 2007 г. «Гесс» списали и разделали в Инкермане на металлолом
В 1992 г. в Одессе базировались ГС-212 (пр. 871) и шесть малых гидрографических катеров, часть из которых также продали коммерсантам. В 1993 г. ГС-212 вошел в состав ВМС Украины (бортовой номер U601).
Украине также достались 60-й гидрорайон в Керчи и 156-й участок в Николаеве, располагавшие тремя гидрографическими судами, семью большими и девятью малыми гидрографическими катерами. Из них ГИСУ «Память Меркурия» продали фирме «Сата» (Симферополь). 26 января 2001 г. «Память Меркурия», выполняя рейс Евпатория — Стамбул — Евпатория, из-за плохо закрепленное груза получило сильный крен и затонуло. В результате катастрофы погибло 3 члена команды и 5 пассажиров, пропали без вести 4 члена команды и 8 пассажиров, утеряно судно и груз.
Гидрографические суда ГС-82 и ГС-103 (пр. 870) нуждались в среднем ремонте. Часть катеров также была продана частным коммерческим структурам.
При разделе флота в 1997 г. ГС-82 было передано Украине, получив там новое наименование — бортовой U600. Впоследствии судну вернули его прежнее название ЕС-82 и передали гражданской службе — Николаевскому отделению государственного предприятия «Госгидрография» Украины. ГС-103 в 1997 г. вошло в состав российского Черноморского флота. В настоящее время находится в составе Новороссийского участка гидрографии, с базированием на Новороссийск.
Полностью ликвидирован 55-й гидрорайон в Поти, а пять малых гидрографических катеров — МГК-424, МГК-647, МГК-1232, МГК-1424, МГК-1628 — были захвачены Грузией и использовались боевиками. В результате этого побоища практически уничтожено навигационное обеспечение в районах Кавказа, Керченско-Феодосийского, Одесского, Николаевского и Евпаторийского районов.
В составе 47-го гидрорайона (Севастополь) сохранились гидрографическое судно ГС-86 пр. 870 (в настоящий момент входит в состав ЧФ с базированием на Южную бухту Севастополя, активно используется по назначению), шесть больших и семь малых гидрографических катеров: БГК-22, БГК-77, БГК-244, БГК-697, БГК-775, БГК-1567 и МГК-678, МГК-1273, МГК-954, МГК-352, МГК-1001, МГК-1002, МГК-1099. Часть катеров также продана частным лицам для использования в качестве прогулочных судов.
Новороссийская база из состава 262-го участка ГС сохранила пять малых гидрографических катеров: МГК-500, МГК-614, МГК-634, МГК-1792, МГК-1914. В первые годы распада флота было ликвидировано еще три гидрографических подразделения, располагавших тремя большими, восемнадцатью малыми гидрографическими катерами и рейдовым катером. Это были 11-я и 23-я океанографические экспедиции, а также 55-я рейдовая гидрографическая служба.
В описании трагедии уничтожения Черноморского флота вполне логично сказать и о морских пограничниках, также получивших сполна за преданность присяге. Морские части погранвойск КГБ СССР на Черном море располагали четырьмя отдельными бригадами пограничных кораблей. России достались лишь 6-я и 21 -я бригады, базировавшиеся на порты Кавказа и Новороссийск. Россияне располагали тремя пограничными сторожевыми кораблями (ПСКР): П-808; П-811; П-814 (класс «Молния»), одним ПСКР П-906 (класс «Светляк»), тремя ПСКР на подводных крыльях: П-100; П-101; П-102 (класс «Антарес») и семнадцатью ПСКР класса «Тарантул»: П-616, П-631, П-637, П-638, П-641, П-644, П-649, П-657, П-659, П-651, П-660, П-665, П-695, П-700, П-715, П-721, П-723 (пр. 205П), двадцатью пограничными сторожевыми катерами класса «Гриф»: П-109, П-111, П-126, П-139, П-275, П-402, П-500, П-501, П-502, П-503, П-510, П-513, П-516, П-520, П-525, П-559, П-553, П-554, П-563, П-576, П-577, П-625: П-626: П-633 и тремя правительственными катерами-яхтами — «Кавказ», П-51, П-52. С 1990 по 1997 год примерно треть корабельного состава прекратила свое существование, будучи списана на слом, использована на запчасти или продана коммерсантам.
Украине перешли 5-я и 18-я бригады, базировавшиеся на Балаклаву и Одессу. Крымские пограничники в Балаклаве располагали: двумя ПСКР — «Днепр» и «Измаил» (класса «Альбатрос»), тремя ПСКР класса «Молния» (П-813, «Г. Гнатенко» и «Г. Куропятников»), четырьмя класса «Антарес» (П-103, П-105, П-108, П-115), девятью класса «Тарантул» (П-623, П-629, П-630, П-635, П-636, П-637, П-642, П-645, П-722), пятью класса «Гриф» (П-125, П-141, П-508, П-512, П-534) и тремя правительственными катерами — «Крым», П-53, П-54. Одесситы имели в своем составе восемь катеров класса «Тарантул» (П-643, П-648, П-650, П-652, П-702, П-705, П-709, П-720), пятнадцать класса «Гриф» (П-517, П-519, П-526, П-527, П-528, П-529: П-531, П-546, П-547, П-550, П-555, П-558, П-562, П-574, П-579) и около десятка водометных катеров на Дунае. В 1990–1997 гг. были списаны пять «Тарантулов» и четыре «Грифа» в обоих соединениях, несколько катеров проданы частным лицам, а два «Альбатроса» переданы военно-морским силам Украины. ПСКР «Днепр» и «Измаил» были переклассифицированы в корветы и получили наименования «Винница» и «Чернигов». По нескольку катеров из каждой бригады были переведены в Керчь, где формировалось новое соединение пограничных кораблей.
Все соглашения по Севастополю и разделу Черноморского флота были крайне невыгодны для России. Но в конце концов, если бы украинская сторона строго выполняла их, ситуация была бы терпимой. Увы, правительство Украины начало необъявленную войну против России на Черном море. Я не сгущаю краски, просто российские СМИ до февраля 2014 г. скрывали от населения истинную ситуацию, и лишь изредка освещали отдельные инциденты — «надводную часть айсберга».
В украинской прессе при поддержке правительства постоянно нагнетались страхи по поводу пребывания на украинской территории вооруженных сил враждебной державы. Сотни парней из так называемого Студенческого братства регулярно приезжали в Крым и устраивали пикеты у объектов, принадлежащих Черноморскому флоту. Их активисты таскали плакаты с лозунгами «Черноморский флот — главный нарушитель Основного закона», «10 лет Конституции — 10 лет ее нарушения со стороны российского флота». Действительно, статья 17 Конституции Украины запрещает размещение на территории Украины иностранных военных баз. Вместе с тем пункт 14 переходных положений Конституции постановил, что использование существующих на момент принятия Основного закона военных баз на территории Украины для временного пребывания иностранных военных формирований возможно на условиях аренды в порядке, определенном международными договорами, ратифицироваными Верховной Радой. Так что Черноморский флот находится в Севастополе в полном соответствии с самостийной конституцией.