Так же встречали ополчение жители Городца, Кинешмы и других городов. Лишь в Костроме воевода Иван Шереметев, сторонник Владислава, не пожелал впустить в город ополчение. Но жители ударили в набат и связали воеводу. Вошедшему в Кострому Пожарскому пришлось спасать Шереметева, которого горожане хотели казнить.
По просьбе костромичей Пожарский назначил им нового воеводу князя Романа Ивановича Гагарина, который несколько недель до этого уже воеводствовал в Костроме. Гагарин отличился в войне с Болотниковым, однако потом переметнулся к Лжедмитрию II в Тушино. «Воровские» нравы его не устроили, и Гагарин вернулся к Шуйскому, который был вынужден прощать всех перебежчиков. Зато Гагарин одним из первых отозвался на призыв Минина и вступил в ополчение.
В Ярославле власть была в руках престарелого боярина Андрея Куракина и дьяка Михаила Данилова. К ним присоединился приехавший из первого ополчения стольник Василий Бутурлин. Весть о присяге первого ополчения Псковскому вору и прибытие отряда Лопаты произвели должное впечатление на Куракина, и он счёл за лучшее присоединиться к Пожарскому. Таким образом, Ярославль без боя перешёл в руки второго ополчения. В первых числах апреля 1612 г. основные силы ополчения под колокольный звон вступили в Ярославль.
Занятие Ярославля произвело большое впечатление на города Поволжья. Даже казанская администрация была вынуждена признать власть Минина и Пожарского и отправить к ним большой отряд ратников.
Созыв Земского собора в обстановке смуты и хаоса — дело не недель, а долгих месяцев. Поэтому в Ярославле, не дожидаясь собора, было создано земское правительство, управляющее уже большей частью России. В Ярославле возникли учреждения типа министерств — Поместный приказ, Монастырский приказ, Разрядный приказ, Казанский дворец, Новгородская четверть и другие, то есть все учреждения, существовавшие при Иване Грозном и Борисе Годунове. В Ярославле был устроен Денежный двор, и началась чеканка монеты. Земское правительство вступает в переговоры с зарубежными странами.
Значительную роль в правительстве играл Кузьма Минин. Нижегородский мещанин получил необычный и внушительный титул — «Выборный всею землёй человек». Минин даже обзавёлся собственной печатью, на которой была изображена фигура античного героя, сидящего в кресле и держащего в правой руке чашу. Рядом с креслом стояла амфора. Всё это символизировало смысл деятельности Минина — собрание и хранение государственной казны.
Разумеется, кроме светской власти должна быть власть и духовная. Для созыва Большого собора нужно было время, а пока был создан Духовный совет, во главе которого был поставлен бывший Ростовский митрополит Кирилл. Тот самый Кирилл, которого без особых оснований сместил с митрополии Гришка Отрепьев, дабы поставить туда своего благодетеля Филарета Романова. С 1606 г. Кирилл проживал в Троице-Сергиевом монастыре. Выбор Кирилла не был случаен. В начале 1612 г. в Москве от рук поляков принял мученическую кончину патриарх Гермоген. Филарета Романова, гостившего у польского короля, ни патриархом, ни митрополитом в Ярославле не считали. По церковному обычаю, следующим по старшинству после патриарха считался Новгородский митрополит, но Новгородский митрополит Исидор был в шведском плену. За ним следовал Казанский митрополит Ефрем, но он был крайне необходим в Казани, а далее следовал по старшинству Ростовский митрополит. Таким образом, в Ярославле была организована и своя церковная власть, и под рукой был почти неоспоримый кандидат в патриархи.
Ярославское правительство учредило и новый государственный герб, на котором был изображён лев. На большой дворцовой печати были изображены два льва, стоящие на задних лапах. При желании введение нового герба можно объяснить тем, что все самозванцы выступали под знамёнами с двуглавым орлом, гербом Русского государства ещё со времён Ивана III. Но с другой стороны, новый государственный герб был уж очень похож на герб князя Пожарского, где были изображены два рыкающих льва. Да и сам Пожарский теперь именовался «Воевода и князь Дмитрий Михайлович Пожарково-Стародубский».
Деятельность ярославского правительства начала приносить плоды. Даже отдалённые области Поморья и Сибири слали деньги и своих представителей в Ярославль.
В отношении первого ополчения Минин и Пожарский вели гибкую политику, благодаря которой удалось избежать не только войны, но даже и официального разрыва между ополчениями. С другой стороны, по всей стране рассылались грамоты с обличениями руководителей первого ополчения. С некоторой долей упрощения ситуации это можно представить так: Минин и Пожарский признавали власть первого ополчения только под Москвой и больше нигде. В места, находившиеся под контролем Трубецкого и Заруцкого, посылались отряды дворян, которые выдавливали оттуда казаков, а кое-где и выбивали силой.
В апреле 1612 г. к Суздалю подошёл отряд князя Романа Петровича Пожарского, и атаману Просовецкому пришлось уносить ноги. В мае воевода Иван Наумов подошёл к Переяславлю-Залесскому, и казаки снова бежали без выстрела. В том же мае князь Дмитрий Черкасский выбил казаков из Углича. Четыре атамана сразу перешли на его сторону, но к остальным пришлось применить силу.
Чтобы очистить путь на север, Дмитрий Пожарский отправил в Пошехонье отряд Лопаты-Пожарского. Воровские казаки были выбиты из Пошехонья. Их атаман Василий Толстой бежал в Кашин, где засел воевода первого ополчения Дмитрий Черкасский. Недолго поразмыслив, Черкасский перешёл на сторону Пожарского.
Торжок и Владимир также подчинились «Совету всей земли», созданному в Ярославле.
Казалось, ещё немного, и Земской собор изберёт славного воеводу царём, а митрополита Кирилла — патриархом. Со Смутой было бы покончено в течение нескольких месяцев. Вся история Государства Российского могла пойти по другому пути.
Однако судьба распорядилась совсем иначе. В июле 1612 г. войско гетмана Ходкевича двинулось на Москву. Перед Пожарским и Мининым возникла роковая дилемма — идти к Москве означало своими руками погубить план спасения государства, который был уже на грани успеха. Под Москвой волей-неволей придётся сотрудничать с первым ополчением, признать его легитимность и делить плоды победы. А то, что из себя представляла публика из первого ополчения, Пожарский и Минин знали не понаслышке. Не было никакого сомнения, что воровские казаки и впредь будут источником смут и потрясений. Но, с другой стороны, стоять в Ярославле и ждать, пока Ходкевич разгонит казаков и деблокирует гарнизон Гонсевского, тоже было нельзя. Это скомпрометирует второе ополчение и особенно его вождей.
Узнав о походе Ходкевича, многие казачьи атаманы из подмосковного лагеря писали слёзные грамоты к Пожарскому с просьбой о помощи. С аналогичной просьбой к Пожарскому обратились монахи Троице-Сергиева монастыря. В Ярославль срочно выехал келарь Авраамий Палицын, который долго уговаривал Пожарского и Минина. Из двух зол пришлось выбирать меньшее, и Пожарский приказал готовиться к походу на Москву.
Однако Пожарского в первом ополчении ждали не все. «Боярин» Заруцкий люто ненавидел прославленного воеводу. По его указанию в Ярославль отправились двое казаков — Обреска и Степан. Там им удалось вовлечь в заговор смолян Ивана Доводчинова и Шанду, а также рязанца Семёна Хвалова. Последний был боевым холопом князя Пожарского. Заговорщики решили убить Пожарского, когда он будет осматривать новые пушки на центральной площади Ярославля. В тесноте казак Степан попытался ударить князя ножом в живот, но промахнулся и попал в бедро стоявшего рядом ополченца Романа. Степана схватили, и на пытке он назвал своих товарищей, которые также во всём признались. Преступники были заключены в тюрьму. Позже часть из них отправили в Москву на «обличенье». Там они во всём покаялись и были прощены по просьбе Пожарского.