Советские войска противовоздушной обороны состояли из 11-й зенитно-ракетной дивизии ПВО, включавшей 16-й, 276-й и 500-й зенитно-ракетные полки по четыре дивизиона в каждом и отдельную подвижную ракетно-техническую базу; 10-ю зенитную дивизию ПВО, включавшую 294-й, 318-й и 466-й зенитно-ракетные полки по четыре дивизиона в каждом и отдельную подвижную ракетно-техническую базу; 32-й истребительный авиационный полк (40 самолетов МиГ-21).
Военно-воздушные силы представляли 134-я отдельная авиационная эскадрилья (11 самолетов); 437-й отдельный вертолетный полк (33 вертолета Ми-4); 561 и 584-й полки фронтовых крылатых ракет ФКР-1 (по 8 пусковых установок в каждом полку). Всего на Кубу было доставлено 80 ядерных боевых частей ракет ФКР-1.
От ВМФ в операции «Анадырь» должны были участвовать эскадра подводных лодок, состоявшая из 18-й дивизии (7 подводных лодок) и 211-й бригады (4 подводные лодки) и 2 плавбаз; эскадра надводных кораблей, состоявшая из 2 крейсеров, 2 ракетных и 2 артиллерийских эсминцев; бригада ракетных катеров (12 единиц); отдельный подвижной береговой ракетный полк (8 пусковых установок типа «Сопка» противокорабельной системы); минноторпедный авиационный полк (33 самолета Ил-28); отряд судов обеспечения (танкеров — 2, сухогрузов — 2, плавмастерская— 1).
Для перевозки 51-й дивизии на Кубу было предназначено 36 торговых судов. Первый пароход «Омск» с шестью ракетами Р-12 прибыл 9 сентября 1962 г. в порт Касильда. Всего в период с 9 сентября по 22 октября 1962 г. на Кубу прибыло и разгружено 24 судна с 42 ракетами Р-12, из которых 6 было учебных, а также 36 ядерных боеголовок. Из личного состава дивизии на Кубу прибыло 1404 офицера, 6462 солдат и сержантов и 90 служащих Советской армии. Итого 7965 человек.
Выгрузка ракет в портах Мариэль и Касильда велась только в темное время суток. Ракеты и крупногабаритная техника перевозились только в период с 0 часов до 5 часов утра. Личный состав, участвовавший в перевозке, был переодет в кубинскую форму.
Ракеты Р-14 на Кубу доставлены не были в связи с началом 22 октября 1962 г. американской блокады острова. Все 60 ядерных боеголовок, как ракет Р-12, так и ракет Р-14, были доставлены на Кубу 4 октября на теплоходе «Индигирка».
За 48 суток с момента прибыли (то есть 27 октября 1962 г.) 51-я дивизия была готова к пуску ракет с 24-х стартов. Время подготовки ракет к пуску составило от 16 до 10 часов в зависимости от времени доставки головных частей ракет, которые хранились отдельно.
22 октября президент Кеннеди выступил по телевидению с предельно драматизированной речью, которые ему так удавались. Он подтвердил присутствие ракет на Кубе и объявил военно-морскую блокаду в виде карантинной зоны в 500 морских миль (915 км) вокруг берегов Кубы, предупредив, что вооруженные силы были «готовы к любому развитию событий», и осудив Советский Союз за «секретность и введение в заблуждение». Кеннеди отметил, что любой ракетный запуск с территории Кубы в сторону любого из американских союзников в Западном полушарии будет расценен как акт войны против США. Замечу, что подобная блокада была беспрецедентным нарушением международного и военно-морского права.
24 октября в 10 часов утра 180 кораблей ВМС США окружили Кубу с приказом ни в коем случае не открывать огонь по советским судам без личного приказа президента. К этому времени на Кубу шли 30 кораблей, в том числе «Александровск» с грузом ядерных боеголовок и 4 корабля, везущие ракеты для двух дивизионов баллистических ракет средней дальности.
Историки уже полвека спорят, как развивались бы события, если бы СССР располагал мощным надводным флотом.
Увы, благодаря мудрой политике дорогого Никиты Сергеевича, который еще в 1959 г. публично заявил, что «крупные надводные корабли хороши лишь для государственных визитов», у нас просто нечего было послать к берегам Кубы. И за неимением лучшего послали к берегам «Острова свободы» четыре дизельные подводные лодки пр. 641, три из которых американцы заставили всплыть.
В конце концов 27 октября 1962 г. Кеннеди и Хрущев пришли к компромиссу, который позволил избежать ядерной войны. 28 октября 1962 г. министр обороны издал директиву за № 76665, в которой приказал демонтировать стартовые позиции ракет, а 51-ю дивизию в полном составе передислоцировать в Советский Союз. Со 2 по 11 ноября все ракеты, а с 4 по 6 декабря и бомбардировщики Ил-28, были вывезены с Кубы. Личный состав дивизии в количестве 7005 человек и техника в количестве 2041 единицы были отправлены в СССР с 1 по 12 декабря на 24 транспортах. В другой директиве, за № 76676 от 1 ноября 1962 г., министр обороны дал указание передать в ГСВК [133] и оставить на острове из состава частей РВСН [134] 14 офицеров, 937 солдат и сержантов, 402 автомашины, 18 радиостанций и ряд вспомогательных подразделений. Вскоре поступило распоряжение: в течение 3—10 месяцев передать кубинской стороне оружие и технику сухопутных войск, ПВО, ВМФ и ВВС. Среди них были самолеты МиГ-21, МиГ-15ути, Як-12 и Ан-2; вертолеты Ми-4; ракетные катера типа «Комар» (проект 183р) и т.д.
Замечу, что баллистические ракеты Р-12 и Р-14, возвращенные с Кубы, были в СССР испытаны методом пуска. Все старты прошли нормально.
На Кубе же была оставлена советская «учебная бригада» численностью 11 тыс. человек.
В ответ США обязались не нападать на Кубу. Кроме того, Кеннеди пообещал Хрущеву вывести ракеты средней дальности из Европы, но просил помочь ему «сохранить лицо», то есть не упоминать об этом обещании публично. Никита решил пощадить самолюбие американского президента. А Кеннеди сдержал слово, и в 1963 г. все ракеты «Тор» и «Юпитер» были выведены с территорий Турции, Италии и Великобритании. Их доставили на склады в США, где «Торы» хранились до 1974 г., а «Юпитеры» — до 1975 г.
26 августа 1970 г. разведывательный самолет «Локхид» U-2 сфотографировал на кубинском островке Кайо-Алькатрас какое-то подозрительное строительство (новый причал и бараки), которого 11 дней назад не наблюдалось. В это время к острову двигалась эскадра ВМФ СССР, в составе которой была плавбаза того класса, который обычно использовался для обслуживания атомных подводных лодок. Как было официально объявлено, отряд кораблей под командованием контр-адмирала Н.В. Соловьева следовал для отдыха в порт Сьенфуэгос.
9 сентября советская флотилия вошла в порт Сьенфуэгос. В составе флотилии насчитывалось 7 боевых и вспомогательных судов: плавбаза подводных лодок, ракетный крейсер, эсминец, океанский спасательный буксир, спасательное судно, танкер и БДК пр. 1171, который нес две баржи специального назначения, видимо, предназначавшиеся для обслуживания атомных подводных лодок.
С 9 сентября 1970 г. американские самолеты U-2 стали постоянно следить за советской деятельностью на Кубе. Но при их появлении немедленно взлетали кубинские истребители. 16 сентября аэрофотосъемка показала, что строительство в гавани в Сьенфуэгосе идет полным ходом, плавбаза была поставлена на якорь к четырем бакенам в глубоководном бассейне, и подводные сети были натянуты поперек гавани. Большой комплекс бараков, административных зданий и средств обслуживания отдыха был почти закончен на острове Кайо-Алькатрас.