В 1960–1961 гг. Абдель Насер, занимавший пост президента ОАР, проводил широкую кампанию по национализации банков и частных предприятий в стране. Насер поссорился с Куатли и отправил его в ссылку.
Несмотря на большую личную популярность Насера, союзное государство распалось из-за противоречий, вызванных претензиями Египта на ведущую роль. 28 сентября 1961 г. офицеры сирийской армии захватили власть в Дамаске, арестовали и выслали из страны представителя Насера маршала Абдель Хаким Амера и объявили о выходе Сирии из ОАР.
После того как в ходе переворотов 8 февраля в Ираке, а 8 марта 1963 г. в Сирии к власти в этих странах вернулась партия Баас (Партия арабского социалистического возрождения), были предприняты попытки возродить союзное государство в составе Египта, Сирии и Ирака. Уже 10 марта в Дамаск для переговоров об объединении прибыла иракская делегация во главе с министром внутренних дел Али Салехом Саади и министром обороны Салехом Аммашем. 14 марта премьер-министр Сирии Салах Битар по радио объявил, что главной задачей его правительства является создание союза ОАР, Сирии и Ирака, с возможным включением в него Алжира и Йемена. 15 марта Насер провел в Каире переговоры с сирийской и иракской делегациями. 19 марта Салах Битар прибыл в Каир с трехдневным визитом и провел переговоры с Насером. 25 марта в Каир для переговоров об объединении прибыла алжирская делегация во главе с министром обороны Хуари Бумедьеном.
17 апреля 1963 г. в Каире было распространено коммюнике Насера, руководителя Сирии генерал-лейтенанта Луэя аль-Атаси и премьер-министра Ирака Ахмеда Хасана аль-Бакра о создании Федерации в составе Египетского, Сирийского и Иракского районов со столицей в Каире. Федерация должна была сохранить флаг ОАР с добавлением к нему еще одной звезды. Но последовавшие вскоре политические кризисы в Сирии и Ираке прервали процесс объединения.
Египет, однако, продолжал официально использовать название ОАР до конца жизни Насера. После его смерти в 1971 г. название государства было изменено на Арабская Республика Египет.
Между тем росла напряженность на сирийско-израильской границе. Обострение отношений произошло из-за трех основных факторов — конфликта из-за водных ресурсов, конфликта из-за контроля над демилитаризованными зонами вдоль линии прекращения огня 1948 г. и поддержки сирийским правительством военизированных группировок палестинских арабов, периодически начинавших партизанскую войну против Израиля. Демилитаризованные зоны в соответствии с соглашением 1948 г. не должны были находиться под чьим-либо суверенитетом. Израиль пытался установить над ними контроль, провоцируя сирийцев и в ходе возникших столкновений расширяя свой контроль на эти зоны. Замечу, что еще 30 марта 1956 г. министр иностранных дел Израиля Моше Шарет заявил послу СССР в Израиле, что «Соглашение о перемирии не запрещает проведение ирригационных или каких-либо других работ гражданского характера в демилитаризованной зоне. Более того, в соглашении сказано, что гражданская жизнь в указанной зоне должна проходить нормально».
При этом, согласно заявлению израильского представителя в Совете Безопасности ООН Аббы Эвена, только за первые 11 месяцев 1955 г. на сирийско-израильской границе длиной всего около 22 миль, было зафиксировано 108 нарушений Соглашения о перемирии со стороны Сирии, значительную часть из которых составляли обстрелы израильских деревень, сельскохозяйственных рабочих и рыбаков.
В 1964–1966 гг. происходили столкновения между Сирией и Израилем из-за водных ресурсов. В июне 1964 г. Сирия решила отвести воды реки Иордан, впадающей в израильское озеро Кинерет, на свою территорию.
В 1964–1965 гг. произошло 4 крупных пограничных инцидента с участием танков и авиации. В июле 1966 г. израильская авиация уничтожила тяжелую технику, занятую в работах по отводу вод, прекратив их окончательно, и сбила сирийский МиГ, пытавшийся вмешаться.
В 1965 г. была образована Организация освобождения Палестины, декларировавшая своей целью исправление несправедливостей, причиненных, по ее мнению, палестинским арабам, и расформирование «сионистского образования». Ведущее место в ней занимала военизированная организация Эль-Фатх, которая 2 января 1965 г. совершила свою первую военную операцию против Израиля — нападение на «всеизраильский водопровод».
Всего с января 1965 по июнь 1967 г. Эль-Фатх и другие группы совершили 122 нападения на Израиль, в основном неудачных. Хотя большая часть нападений со стороны Эль-Фатха происходила с ливанской и иорданской территорий, вооружение, обучение и поддержку группа получала в основном со стороны Сирии. Сирийцы предпочитали, чтобы нападения палестинцев происходили и со стороны других арабских государств, опасаясь израильских ответных мер. При этом король Иордании прилагал усилия, чтобы предотвратить нападения палестинцев на Израиль с территории Иордании.
В октябре и ноябре 1966 г. террористическая организация Эль-Фатх усилила свою диверсионную деятельность против Израиля.
В ночь с 7 на 8 октября в пригороде Иерусалима Верхняя Ромема в результате трех взрывов были повреждены два жилых дома и легко ранены четыре человека. «Расследование показало, что следы диверсантов, заложивших взрывчатку, вели к иорданской границе».
8 октября близ поселка Шаар ха-Голан в районе Иорданской долины были произведены взрывы сельскохозяйственных построек. Прибывший к месту взрыва моторизованный патруль подорвался на мине, четверо служащих пограничной полиции погибли. Ответственность за диверсию взяла на себя организация Эль-Фатх.
В ночь на 11 ноября в районе границы между Израилем и территорией, оккупированной Иорданией в ходе Арабо-израильской войны 1947–1949 гг., взорвался заряд, подложенный боевиками «Движения за национальное освобождение Палестины» (ФАТХ), являющимся Организацией освобождения Палестины (ООП). Погибли 3 и было ранено 6 солдат Армии обороны Израиля.
13 ноября 1966 г. Израиль в ответ на подрыв своих солдат двумя днями ранее провел операцию против ООП. В ходе операции в деревне Саму на оккупированном Иорданией Западном берегу реки Иордан, израильские войска взорвали 125 домов, погибло 15 иорданских военнослужащих и 3 мирных жителя. Рейд вызвал волну демонстраций протеста против хашимитской династии на Западном берегу реки Иордан. Вслед за этим правительственные СМИ Иордании обвиняли Насера в том, что он «прячется за юбками войск ООН» и не пришел на помощь Иордании вопреки своим более ранним обещаниям. Израильская операция была осуждена резолюцией 228 Совета Безопасности ООН, который предостерег Израиль от повторения подобных акций. При этом причины рейда в резолюции упомянуты не были.
В ноябре 1966 г. Египет и Сирия заключают военный союз.
Периодически на границе Сирии и Египта шли воздушные бои с израильскими истребителями. Так, 14 февраля 1960 г. над сирийской границей произошел бой арабских МиГ-17 с израильскими истребителями «Супер Мистер». Сирийцы утверждали, что сбили один израильский самолет, а израильтяне отрицали его потерю. Замечу, что сверхзвуковые истребители «Супер Мистер» поставлялись Францией Израилю с 1958 г.
В ночь на 27 сентября 1961 г. четверка разведчиков Ил-28Р, «взлетев с сирийских аэродромов, на малой высоте, одновременно в разных местах вторглись в воздушное пространство Израиля на севере и, пройдя всю страну, проследовали в Египет, попутно отсняв наиболее интересные стратегические объекты израильтян при помощи фотографических осветительных авиационных бомб.