Черкасский в это время подступил к Могилеву, и 26 августа он сдался без боя. А Шереметев подошел к Витебску. У противника там собралось до 10 тыс. защитников, у Шереметева же было всего 3400 бойцов. Но разношерстный и плохо управляемый гарнизон из шляхты, солдат, вооруженных слуг и горожан активности не проявлял, что позволило русским 28 августа окружить Витебск и блокировать заставами. В город отправился парламентером Ордин-Нащокин и предложил сдаться, гарантируя сохранение имущества и «вольностей». На это последовал гордый отказ.
Надо отметить, что на войне особенно ярко проявилась такая черта Алексея Михайловича, как высокая гуманность. Он постоянно и искренне заботился о воинах, щадил их. Когда в первом бою ратники побежали, оставив неприятелю орудия и обоз, он писал сестре: «радуйся, что люди целы». Кто-то из иностранцев предложил ввести смертную казнь за бегство с поля боя — царь такую меру с негодованием отверг. Сказал, что «трудно пойти на это, ибо Господь не всех наделил равным мужеством», да и вообще — с каждым может случиться. А после неудачного штурма Смоленска сделал выводы не только для себя, но и от воевод требовал беречь подчиненных. И Шереметеву послал приказ: «Промышлять подкопом и зажогом, а приступати к Витебску не велено, чтобы людем потери не учинить». Кстати, и в завоеванных городах царь вовсе не стремился установить свои порядки, уважал местные традиции. Жители Могилева подали ему челобитную, просили сохранить им магдебургское право, позволить носить прежнюю одежду и не ходить на войну — государь их пожелания удовлетворил.
Корпус Черкасского из Могилева выступил под Дубровну. Тоже получив приказ «промышлять зажогом и сговором, всякими обычаи, а приступати не велено». А Трубецкой осадил Шклов. Солдаты и стрельцы попыталась захватить его внезапным ночным приступом, но гарнизон оказался начеку и отразил атаку. Тяжелых орудий у Трубецкого не было, только полевые. Тогда он приказал артиллерии бить не по стенам, а «по хоромам» — по жилым домам, чтобы вызвать пожары и панику, а своим бойцам «из ружей стреляти беспрестанно», поражая защитников на стенах и башнях. И подействовало, 31 августа Шклов капитулировал.
Смоленск еще держался. Гарнизон надеялся на чуму в России, что она проникнет в царское войско. Рассчитывал на помощь Радзивилла — гетман слал хвастливые письма, уверял, что заманивает неприятелей в глубь своей территории, а там разделается с ними, придет под Смоленск и заберет русских «голыми руками». Но непрерывная бомбардировка вызвала пожары, в стенах возникли и расширялись проломы. В городе кончался порох, и ответный огонь слабел. Горожане прятались по погребам, не выходили на работу по восстановлению укреплений. Шляхта отказывалась дежурить на стенах под обстрелом. Кричала, что продолжение сопротивления погубит их семьи. Наемники грозили взбунтоваться, им нечем было платить жалованье. Пришло и известие о разгроме Радзивилла — помощи ждать было больше неоткуда. А к царю продолжали подходить новые силы. Прибыли от Хмельницкого атаман Золотаренко с казаками, 5 полков от Трубецкого, свежие части из России. В осадном лагере собралось 32 полка, а от эпидемии армия отгородилась системой кордонов на Смоленской дороге.
В общем стало ясно, что нового приступа город не выдержит. И 2 сентября командование гарнизона вступило в переговоры. Через неделю русские уполномоченные, стольники Иван и Семен Милославские и стрелецкий голова Артамон Матвеев, подписали акт о сдаче Смоленска. Шляхте и иноземцам был разрешен свободный отъезд в Польшу с оружием и имуществом, желающие могли остаться на русской службе. 23 сентября прошла торжественная церемония возвращения Смоленска под власть России. «Воеводы и полковники из Смоленска вышли и государю челом ударили на поле и знамена положили перед ним, государем, и сошли в Литву». Уехали Обухович и Корф «с малыми людьми» — причем в Польше за капитуляцию Обухович был казнен. Большинство служилых и горожан поступили более благоразумно: присягнули царю. Для «начальных людей», перешедших в русское подданство, Алексей Михайлович дал праздничный обед. И назначил воеводой Смоленска Григория Пушкина.
На других участках боевые действия продолжались. Шереметев, осаждая Витебск, отправил псковский полк под командованием И. И. Салтыкова в поход по Западной Двине. Он овладел Режицей, Лужей, Люцином, подошел к Динабургу и пробовал с ходу захватить его. Но атаку отбили, и русские отступили от этой крепости. Золотаренко был послан на Могилевщину, взял Пропойск и Новый Быхов. Однако Старый Быхов, где укрепились поляки, захватить не смог, и казаки ударились в грабежи, разоряя все, что под руку попадется. В Могилеве находился лишь небольшой отряд воеводы Воейкова и шляхтича Поклонского, перешедшего к русским. Они жаловались царю, что не в силах угомонить «освободителей», и Алексей Михайлович приказал этим заняться Трубецкому. Тот направил стрелецкую часть, по уезду были расставлены посты для «обереганья» людей. Золотаренко такими мерами очень возмутился: «Что ж мы будем есть, если нам хлеба, коров и лошадей не брать?» На что Воейков прозрачно намекнул — дескать, в Старом Быхове припасов имеется много. Пришлось Золотаренко все же заняться осадой сильной твердыни. Но успеха он не имел. Запрет грабежей и наступившая осень негативно подействовали на его воинство, многие возвращались на Украину. У наказного атамана осталось 6–8 тыс. сабель, он снял осаду и ушел в Новый Быхов.
Против Радзивилла, снова пытавшегося собирать в Минске шляхту, Трубецкой выслал Долгорукова и Измайлова с двумя солдатскими полками и 3 тыс. дворян, рейтар и стрельцов. При их приближении Радзивилл оставил Минск и отступил в глубь страны. Постепенно «подчищались» крепости, оставшиеся в тылах у русских. 29 сентября Трубецкой взял Горы. Пришел черед и Дубровны, которую все еще осаждал Черкасский. 2 октября Трубецкой получил приказ идти ему на помощь. А из Смоленска туда направлялась на плотах тяжелая артиллерия — 2 русские и 2 голландские «градобойные» пищали. Осажденные ответили вылазкой, напали на лагерь Черкасского. Но его успели хорошо укрепить палисадами и шанцами. Отразили врага и контратакой загнали обратно в город. После чего начался обстрел Дубровны из крупнокалиберных орудий, а солдаты и стрельцы под прикрытием огня рыли траншеи и вплотную приблизились к стенам крепости. И лишь после этого 12 октября гарнизон сдался. Но тут уж о почетной капитуляции речь не шла. Защитников взяли в плен, горожан выселили, а от царя пришел приказ: «Город Дубровну выжечь», что и было исполнено.
В российском тылу было, пожалуй, тяжелее и опаснее, чем на фронте. Моровое поветрие из столицы перекинулось на Нижний Новгород, Калугу, Тверь, Тулу, Суздаль, Рязань. Бояре Пронский и Хилков оставались с москвичами до конца. И долг свой исполнили до конца — чума унесла обоих. Лекарств от страшной напасти не было. Людей спасали лишь стойкость, выносливость и вера. В эту пору прославилось много чудотворных икон, у которых народ искал защиты — и получал ее. Теребинская икона Божьей Матери в Тверской епархии, Боголюбская — в Угличе, Седмиезерская — в Казани. В Москву из Красногорского монастыря была привезена Грузинская икона Богородицы. А в Шуе по видению одного из прихожан лучшему художнику Иконникову было поручено написать за неделю икону Богородицы-Одигитрии. Всю эту неделю город постился и молился, а после освящения иконы «моровая язва» стала прекращаться. Осенью она пошла на убыль и по всей стране, даже заболевшие начали вдруг выздоравливать, и с наступлением холодов эпидемия исчезла совсем.